شناسایی نوکاردیا آستروئیدس کمپلکس با استفاده از روش real time pcrدر ایزوله های بالینی

زمینه و هدف: طیف بیماری های عفونی ناشی از نوکاردیا آستروئیدس کمپلکس بسیار گسترده است.افتراق بین گونه ای اعضای جنس نوکاردیا جهت تعیین پیش آگهی، درمان مناسب و بموقع و همچنین مطالعات اپیدمیولوژیک ضروری است. از آن جهت که هر یک از گونه های نوکاردیا الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی خاص خود را دارد، دقت روش تشخیصی در درجه اول اهمیت قرار دارد. نیاز به روش های مولکولی با توجه به مزیت های آشکاری که بر روش های فنوتیپی و بیوشیمیایی دارند برای تشخیص به موقع و دقیق گونه های این کمپلکس کاملا روشن است. در این مطالعه برای اولین بار از روش real time pcr برای افتراق بین گونه ای نوکاردیا آستروئیدس کمپلکس استفاده شد.روش کار: از مجموع 25 ایزوله بالینی مشکوک به جنس نوکاردیا، 10 تعداد ایزوله با استفاده از روش ها بیوشیمیای و فنوتیپی به عنوان نوکاردیا آستروئیدس کمپلکس شناسایی شدند. سپس استخراج dna از 10 ایزوله مشکوک انجام گرفت. کنترل مثبت هر سه گونه با استفاده از سویه های استاندارد تهیه شد. real time pcr برای هر 10 ایزوله انجام شد. در نهایت محصول تکثیر شده گونه هایی که با real time pcr به عنوان نوکاردیا آستروئیدس کمپلکس شناسایی شد، جهت تایید هویت برای توالی یابی فرستاده شد. نتایج: نتایج توالی یابی نشان داد که از بین 10 ایزوله بالینی مشکوک به نوکاردیا آستروئیدس کمپلکس 3 ایزوله مربوط به نوکاردیا استروئیدس کمپلکس است. 1 گونه نوکاردیا آستروئیدس، 1 گونه نوکاردیا فارسینیکا و 1 گونه نوکاردیانوا یافت شد.نتیجه گیری: این مطالعه نشان داد که روش real time pcr نسبت به روش های فنوتیپی و بیوشیمیایی اختصاصیت و سرعت بیش تری داشته و جهت افتراق بین گونه ای روشی کارآمد محسوب می شود.

Detection of Nocardia Asteroides Complex in Clinical Isolates by Real Time Polymerase Chain Reaction

Background and Aims: Nocardia asteroides complex is the most common cause of infectious diseases due to nocardiosis. Interspecies differentiation of Nocardia genera is essential for prognosis and timely proper treatment, as well as for epidemiological studies. Since each genus has its own antibiotic resistance, precise careful diagnosis is of prime importance. As compared to biochemical and phenotypic methods, the efficacy of molecular methods for fast and accurate identification of Nocardia species has been proven. The aim of this study was to detect for the first time Nocardia asteroides complex in clinical isolates using real time polymerase chain reaction (RealTime PCR).Materials and Methods: Out of the 25 clinical isolates suspected to be Nocardia asteroides genus 10 were identified as Nocardia asteroids complex by biochemical and phenotypic methods, followed by genomic DNA extraction of the suspicious isolates. Nocardia asteroides complex positive controls were prepared using standard strains. Realtime PCR was conducted on all the 10 suspicious isolates. The final realtime PCR samples were sent for sequencing to verify the identified species.Results: Based on sequencing results 3 of 10 clinical isolates suspected to be identified as Nocardia asteroides complex were confirmed as belonging to the Nocardia asteroids complex genera ─ Nocardia asteroids, Nocardia farcinica, and Nocardia nova.Conclusion: This study shows that, as compared to biochemical and phenotypic methods, realtime polymerase chain reaction is faster and more specific, and is considered as an efficient method, for Nocardia interspecies identification and differentiation.