تعیین ژن‌های خانه‌دار مناسب برای مطالعه تغییر بیان ژن‌ها به روش Real- Time Pcr در گیاه حرا (Avicennia Marina) تحت تیمار نفتی

مطالعه بیان ژن ها می تواند اطلاعات مهمی از سازوکار ها و راهبردهای فیزیولوژیکی که توسط گیاهان در شرایط تنشی رخ می دهد را روشن نماید. انتخاب ژن های کنترل داخلی مناسب برای تعیین سطوح بیان ژن ها بسیار مهم و ضروری است. تاکنون برای گیاه مانگرو avicennia marina مطالعه ای در ارتباط با معرفی ژن های مرجع مناسب برای نرمال سازی داده های rtqpcr گزارش نشده است. در این مطالعه پایداری بیان چهار ژن مرجع اکتین 2 (act2)، زیرواحد a3 سرین/ترئونین فسفاتاز 2a(pp2aa3)، tiplike، پلی یوبی کوئیتین 10 (ubq)، در برگ و ریشه گیاه حرا در غلظت های مختف نفت مورد بررسی قرار گرفت. سه نرم افزار (best keeper، normfinder و gnorm) برای آنالیز رتبه بندی ژن ها مورد استفاده قرار گرفت. نتایج نشان داد که ژن act یک ژن مرجع مناسب برای گیاه حرا تحت تیمار نفتی است اما استفاده از دو یا سه ژن برای دست یافتن به دقت بالاتر پیشنهاد شد. شناسایی ژن های مرجع در نمونه های بیشتر و تحت شرایط تنشی متنوع تر در آزمایش های آتی به ویژه در تنش های مشابه پیشنهاد شده است.

Determination of suitable housekeeping genes for normalization of quantitative real time PCR analysis of Avicennia marina under crude oil treatment

Gene expression studies could provide insight into the physiological mechanisms and strategies used by plants under stress conditions. Selection of suitable internal control gene(s) is essential to accurately assess gene expression levels. For the mangrove plant, Avicennia marina, reliable reference genes to normalize realtime quantitative PCR data has not been previously investigated. In this study, the expression stabilities of four candidate reference genes [Actin 2 (ACT2),Serine/threonineprotein phosphatase 2A subunit A3 (PP2AA3),TIPLike (TIP), polyubiquitin 10 (UBQ)] were determined in leaves and roots of A. marina treated by different level of oils contamination . Three software programs (Bestkeeper, NormFinder and geNorm) were employed to analyze and rank the tested genes. Results showed that ACT2 was the most suitable reference gene in A. marina and the combination of two or three genes was recommended for greater accuracy. Identification of A. marina reference genes in a wide range of experimental samples will provide a useful reference in future gene expression studies in this species, particularly involving similar stresses.