شناسایی فیلوژنتیکی ریزجلبک ایزوله شده از سواحل جنوبی دریای خزر

پیشینه و اهداف: ریزجلبک ها از جمله منابع غنی از متابولیت های فعال بوده، که امروزه علاوه بر مصارف دارویی و غذایی به عنوان منابع مهم سوخت های زیستی مطرح هستند. در این تحقیق از نشانگرهای ریبوزمی به جهت تعیین جایگاه فیلوژنتیکی گونه ریزجلبکی برداشت شده از سواحل جنوبی دریای خزر استفاده شد. روش‌ها‌: برای مطالعات مولکولی، ریزجلبک های رشد یافته در محیط کشت سوسپانسیونی با به کارگیری محلول کلریدآهن (iii) رسوب داده شدند. پس از استخراج dna ژنومی به روش ذوب و یخ، نواحی ژنی کد کننده زیرواحدهای ریبوزمی (16srdna) با استفاده از 36 جفت آغازگر با واکنش زنجیره ای پلیمر از (pcr) تکثیر و سپس با تکنیک ta cloning در ناقل ptz57r/t نوترکیب شده و پس از تراریختگی در سویه باکتریایی dh5α با خالص سازی پلاسمید های بدست آمده از روی ژل، توالی یابی شدند.یافته‌ها: تعداد 14 جفت آغازگر تکثیر قابل قبولی از نواحی ژنی مورد هدف در ژنوم ریزجلبک نشان دادند. توالی های به دست آمده با استفاده از نرم افزار vector nti ver. 11 ویرایش و سپس در پایگاه ژنتیکی (ncbi) بلاست گردیدند. توالی های با تشابه  بالاتر از 90%  انتخاب و مقایسه فاصله مولکولی داده ها با استفاده از نرم افزار mega 6 و تحلیل های فیلوژنتیک با محاسبه درخت های مولکولی میانبرترین (maximum parsimony, mp) برای توالی ژن های مورد مطالعه انجام، و سپس برای آزمون میزان صحت گره ها ازشاخص بوت استرپ 1000 برای تحلیل ها استفاده گردید.نتیجه‌گیری: نتایج حاصل از رسم درخت فیلوژنی و ماتریس تشابه با روش maximum parsimony برای هر 14 ناحیه ژنی نشان داد که گونه مورد مطالعه کمترین فاصله ژنتیکی را با سویه جلبکی spirulina laxissima دارد.

phylogenetic identification of unknown microalgae which isolated from the caspian sea

background and objectives: microalgae are rich sources of active metabolites, which today are considered as important sources of biofuels in addition to medicinal and food uses. in this study, ribosomal markers were used to determine the phylogenetic posation of microalgae species which isolated from the southern coast of the caspian sea.methods: for molecular studies, microalgae grown in suspension culture medium were precipitated using iron (iii) chloride solution. after extraction of genomic dna by freez- thawing method, the gene loci encoding ribosomal subunits (16srdna) were amplified using 36 pairs oligoes by polymerase chain reaction (pcr), the amplified gene loci were inserted into the ptz57r /t vector by ta cloning technique then transformed in the dh5α bacterial and sequenced follow by purification.findings: fourteen pairs of primers showed acceptable amplification of target gene in the microalgae genome. the obtained sequences were edited by vector nti ver. 11 software and then blasted at the ncbi. sequences with more than 90% similarity were selected and the molecular distance of the data was estimated by mega 6 software and phylogenetic analyzes were performed by calculating the maximum short molecular trees (maximum parsimony, mp) for the sequence of the studied genes, and then, bootstrap 1000 index was used for analysis to test the accuracy of the nodes.conclusion: the results of phylogenetic tree and similarity matrix with maximum parsimony method for all 14 gene regions showed that the studied species has the lowest genetic distance with the algal strain spirulina laxissima.