شناسایی بیوانفورماتیکی ‫ microrna های با توان بیومارکری در سرطان روده بزرگ از روی داده‌های ریز آرایه

زمینه و هدف: سرطان روده بزرگ یک بیماری شایع در جهان می‫باشد که باعث مرگ و میر بالایی در افراد مبتلا می‫شود. نبود مارکر مناسب تشخیصی و پیش آگهی باعث عدم شناسایی بدخیمی‫های سرطان کولون در زمان مناسب شده است. ژن‫های microrna با کنترل بیان ژن‫های هدف در بروز و پیشروی سرطان کولون نقش مهمی را ایفا می‫کنند. هدف از مطالعه حاضر، شناسایی بیوانفورماتیکی microrna های احتمالی موثر با بیان متمایز در نمونه های سرطانی و غیرسرطانی کولون بود.روش کار: این مطالعه از نوع تئوریکال بیوانفورماتیکی بوده و داده های ریزآرایه مربوط به 1513 نمونه سرطان روده با شماره دستیابی gse115513 از سایت geo انتخاب شد و با استفاده از برنامه r، ژن‫های مارکر انتخاب گردید. ژن‫های هدف microrna های شناسائی شده با برنامه targetscan مشخص شدند و در نهایت، شبکه گرافیکی با برنامه cytoscape رسم گردید. یافته ها: آنالیز داده های ریزآرایه نشان داد که has mir663b، hasmir650، has mir175p، hasmir4539 و hasmir5013p دارای توان بیومارکری در نمونه های سرطانی می‫باشند. آنالیز آماری و بررسی ژن‫های هدف این microrna نشان داد که ژن‫های hasmir663b (p=0.001 و rocauc=0.8965) و hasmir650 (p=0.001 و rocauc=0.9104) دارای بیان متمایز معنی دار بین نمونه های سرطانی و حاشیه غیرتوموری بوده و توان بیومارکری دارند.نتیجه گیری: ژن‫های has mir663b و hasmir650 می‫توانند به عنوان مارکر تشخیصی برای تفکیک نمونه های سرطانی روده بزرگ از نمونه های غیرسرطانی بکار گرفته شوند.

Bioinformaticbased Identification of MicroRNAs with Biomarker Potential in Colon Cancer from Microarray Data

Background & objectives: Colon cancer is a common disease in the world that causes high mortality in affected people. The lack of appropriate diagnostic and prognostic markers has led to the failure in early diagnosis of colorectal malignancies. MicroRNAs play an important role in controlling the expression of target genes involved in the development and progression of colon cancer. The aim of the present study was the bioinformatics identification of microRNAs with distinct expression in cancerous and noncancerous colon samples.Methods: This type of study was theoretical bioinformatics and microarray data of 1513 colon cancer samples with the accession number of GSE115513 were obtained from the GEO site and marker genes were selected by using R program. Target genes of the identified microRNAs were provided by TARGETSCAN software and finally, the graphical network was plotted in Cytoscape software.Results: Analysis of microarray data showed that hasmiR663b, hasmiR650, hasmiR175p, hasmiR4539 and hasmiR5013p have biomarker potential in cancer samples. Statistical analysis and investigation of the target genes indicated that miR663b (ROCAUC=0.8965, p=0.001) and hasmiR650 (ROCAUC=0.9104, p=0.001) had significant distinct expression between cancerous and nontumor margins with biomarker potential.Conclusion: The hasmiR663b and hasmiR650 genes can be used as diagnostic markers to distinguish colon cancer from noncancerous samples