طراحی، انتخاب و بهینه‌سازی توالی‌های تکراری کوتاه به‌منظور تشخیص بیماری‌های تک ژنی قبل از لانه‌گزینی

مقدمه: تکرارهای پشت سر هم کوتاه یا str (short tandem repeats) نشانگرهای پلی‌مورفیکی هستند که در سرتاسر ژنوم پراکنده شده‌اند و امروزه کاربردهای فراوانی در ژنتیک دارند. به‌عنوان مثال این نشانگرها در تهیه نقشه‌های ژنی، ترسیم درخت فیلو ژنی، پزشکی قانونی و تشخیص غیر‌مستقیم بیماری‌ها از طریق آنالیز پیوستگی مطرح هستند. یکی دیگر از کاربردهای مهم این نشانگرها در تشخیص قبل از لانه‌گزینی یا pgd (preimplantation genetic diagnosis) می‌باشد. لذا باتوجه به گستردگی کاربردهای str‌ و باتوجه به تعداد زیاد این نشانگرها در سطح ژنوم، بایستی از بین هزارانstr موجود، چند str مناسب را باتوجه به نوع کاربرد انتخاب نمود.مواد و روش‌ها: در این پژوهش بیماری آتروفی عضلانی نخاعی به‌عنوان الگویی از یک بیماری تک ژنی انتخاب گردید، سپس نشانگرهای اطراف ژن آن جستجو گردید، از بین صدها نشانگر، 5 نشانگر انتخاب گردید، طیف اندازه اللی برای 5 نشانگر تعیین گردید، سپس انطباق چند تایی انجام شد و پرایمرهای موردنیاز طراحی گردید. در ادامه واکنش‌های pcr بهینه‌سازی شدند و بر روی محصولات pcr به‌دست آمده الکتروفورز مویینه انجام شد.نتایج: به‌منظور تسریع در امر بهینه‌سازی یک مجموعه نشانگرstr برای کاربردهای مختلف، در این مطالعه یک استراتژی کلی ارایه گردید تا در کمترین زمان ممکن بتوان از وجود یک مجموعه str مناسب استفاده نمود. به‌عنوان یک الگو، در این مطالعه کلیه مراحل طراحی و توسعه یک مجموعه نشانگر str، برای کاربرد در تشخیص قبل از لانه‌گزینی بیماری آتروفی عضلانی نخاعی یا sma (spinal muscular atrophy) آورده شده است. نتیجه‌گیری: از استراتژی ارایه شده در این پژوهش می‌توان ظرف مدت زمان نسبتاً کوتاه و با هزینه کم، یک مجموعه نشانگر str برای کاربردهای مشابه طراحی نمود.