طراحی روشی جدید مبتنی‌بر ARMS PCR برای تشخیص ژنوتیپ پلی‌مورفیسم C/T 1562- در پروموتور ژن MMP-9

مقدمه: کلاژناز نوع-4 (mmp-9) یکی از مهم‌ترین ژن‌هایی است که به‌علت هضم کلاژن می‌تواند در جدایی سلول‌ها از بافت پایه و بدخیمی آنها نقش داشته باشد و به همین علت به‌عنوان یک تومور مارکر برای چنیدن سرطان مهم معرفی شده است. وجود پلی‌مرفیسم تک‌نکلیوتیدی t/c در ناحیه 1562- پروموتوری این ژن، باعث افزایش بیان این ژن در سطح رونویسی ازطریق کاهش اتصال پروتیین‌های مهار‌کننده رونویسی در افراد واجد آلل t می‌گردد. با‌توجه‌ به اهمیت این پلی‌مورفیسم، هدف تحقیق حاضر طراحی روشی برای تعیین ژنوتیپ افراد در این پلی‌مورفیسم، بدون استفاده از pcr-rflp است.مواد و روش‌ها: با استفاده از سایت اطلاعات ژنی epd توالی دو طرف منطقه موردنظر دریافت و نرم‌افزار primer1 جهت طراحی چهار جفت پرایمر اختصاصی آلل برای دو طرف منطقه موردنظر استفاده شد. با انجام pcr‌های مختلف، دو جفت پرایمر بهتر انتخاب و pcr arms برای آنها بهینه‌سازی شد. برای تایید نتایج pcr از تعیین توالی (sequencing) استفاده شد.نتایج: با استفاده از پرایمرهای طراحی‌شده، محصول pcr دارای طول 205 نوکلیوتید، نشانگر وجود آلل c و محصول دارای طول 253 نوکلیوتید، نشانگر وجود آلل t بود.نتیجه‌گیری: با استفاده از این تکنیک بدون نیاز به هضم آنزیمی rflp و با سرعت و دقت بالا می‌توان ژنوتیپ افراد را با یک pcr اختصاصی arms مشخص کرد.