ارزیابی بیوانفورماتیک ترکیبات فعال گیاه شنبلیله در سرکوب آنزیم آلفاگلوکوزیداز

مقدمه: دیابت یک سندرم متابولیکی است که با افزایش قند خون مشخص می‌شود. آنزیم‌های آلفاگلوگوزیداز که در میان پرزهای روده کوچک قرار دارند مسوول هیدرولیز کربوهیدرات‌ها هستند. هدف این تحقیق ارزیابی بیوانفورماتیک ترکیبات فعال گیاه شنبلیله در سرکوب آنزیم آلفاگلوکوزیداز است. روش‌ها: این پژوهش به روش توصیفی تحلیلی صورت گرفت. بدین منظور، ابتدا مهم‌ترین ترکیبات جداشده‌ی شنبلیله از پایگاه داده‌ای pubchem دانلود شدند و سپس فایل مربوط به آنزیم آلفاگلوکوزیداز از پایگاه pdb دریافت شد. کلاس سمیت ترکیبات و قوانین لیپینسکی ترتیب توسط toxtree protox ii و سرور swiss adme پیش‌بینی شدند. در پایان، داکینگ مولکولی و برهم‌کنش آنزیم‌ با ترکیبات موجود در شنبلیله توسط autodock tools 1.5.6 و molegro virtual docker 6.0 صورت گرفت. هم‌چنین آنالیز نتایج مربوط به اینتراکشن‌ها با دو نرم‌افزار discovery studio 3.5 و ligplot 2.1 صورت گرفت.یافته‌ها: نتایج مشخص کرد که همه ترکیبات انتخاب شده در شنبلیله با پیروی از قانون لیپینسکی، انرژی اتصال مناسب و نداشتن سمیت گزینه‌های مناسبی در مهار آنزیم آلفاگلوکوزیداز هستند. اما از میان این ترکیبات، ترکیب vitexin با 8/4 کیلوکالری بر مول کم‌ترین انرژی اتصال و بیش‌ترین اثر مهاری را بر آنزیم آلفاگلوکوزیداز داشت. این ترکیب هم‌چنین انرژی اتصال منفی‌تری نسبت به مهارکننده استاندارد (ووگلیبوز) داشتند. نتیجه‌گیری: از نتایج این پژوهش می‌توان نتیجه گرفت که از میان مهم‌ترین ترکیبات موجود در شنبلیله، ترکیب vitexin به‌دلیل ایجاد برهم‌کنش هیدروژنی و هیدروفوبی بیش‌تر با آمینواسیدهای جایگاه فعال آنزیم آلفاگلوکوزیداز، مهارکننده قوی‌تری محسوب می‌شود.

BIOINFORMATICS EVALUATION OF T.FOENUM ACTIVE COMPOUNDS IN SUPPRESSION OF Α-GLUCOSIDASE ENZYME

Background: Diabetes mellitus is a metabolic syndrome characterized by elevated blood glucose. The alpha;glucosidase enzymes that are found in the small intestine are responsible for the hydrolysis of carbohydrates. The aim of this study was to Bioinformatics evaluation of T.foenum active compounds in suppression of alpha;glucosidase enzyme.Methods: This study was a descriptiveanalytical method. For this purpose, the compounds separation of Trigonella foenum were first downloaded from PubChem database and then the alpha;glucosidase enzyme file was obtained from PDB database. The toxicity class of compounds and the Lipinski rules were predicted by Toxtree Protox II and the Swiss ADME server, respectively. Finally, molecular docking and enzyme interaction with the compounds in Trigonella foenumwere performed by AutoDock Tools 1.5.6 and Molegro Virtual Docker 6.0. Interaction results were also analyzed using Discovery Studio 3.5 Ligplot 2.1 software.Results: The results indicated that all selected of compounds in Trigonella foenumwere in follow with Lipinskichr('39')s rules, proper binding energy, and lack of toxicity were appropriate options for alpha;glucosidase inhibition. But among these compounds, Vitexin had the lowest binding energy and the most inhibitory effect on the alpha;glucosidase enzyme, with 4.8 kcal/mol. These compounds also had lower binding energy than standard inhibitor (Voglibose).Conclusion: From the results of this study, it can be concluded that among the most important compounds in Trigonella foenum, the Vitexin compound power inhibitor that due to more hydrogen and hydrophobic interactions with the alpha;glucosidase enzyme active site.