طراحی و ارزیابی عملکرد pcr جهت تشخیص ویروس سندروم لکه سفید در میگو

زمینه: ویروس سندروم لکه سفید، عامل بیماری لکه سفید در میگوها و بسیاری از سخت‌پوستان می‌باشد. این بیماری بسیار مسری است و در طی 310 روز در شرایط کشت طبیعی باعث مرگ‌و میر می‌شود، بنابراین، تشخیص زود هنگام این ویروس یک ضرورت می‌باشد.مواد و روش‌ها: برای 3 ناحیه از ژنوم ویروس و یک ناحیه از ژنوم میگو پرایمرهایی سازگار با هم طراحی شدند که بتوانند با هم در یک واکنش عملکرد داشته باشند.استخراج dna از 40 نمونه میگوی مشکوک به بیماری انجام گردید. سپس پرایمرها به صورت تکی جهت تشخیص ویروس لکه سفید بهینه‌سازی شدند و پس از انتخاب مناسب‌ترین آن‌ها، تشخبص ویروس به صورت همزمان توسط دو جفت پرایمر انجام گردید. از پرایمرهای تکثیر کننده ژنوم میگو هم به‌عنوان کنترل داخلی استفاده شد.یافته‌ها: از بین پرایمرهای طراحی شده 3 جفت پرایمر که یک قطعه از ژنوم میگو و 2 قطعه از ژنوم ویروس را تکثیر می‌کردند انتخاب گردید. از 40 نمونه بررسی شده 28 نمونه مثبت (آلوده به ویروس) و 12 نمونه منفی بود که با نتایج به‌دست آمده با کیت مرجع مطابقت داشت. نتیجه‌گیری: جهت تشخیص ویروس، بررسی 2 ناحیه از ژنوم آن کافی می‌باشد و احتمال منفی کاذب را کاهش می‌دهد. همچنین استفاده از ژنوم میگو جهت کنترل مراحل استخراج dna و pcr مفید می‌باشد. روش pcr تک مرحله‌ای نسبت به روش‌های دو مرحله‌ای (nested pcr) بدلیل کاهش احتمال آلودگی و راحتی انجام آن اولویت دارد.

Design and Evaluation of a PCR Method for Detecting White Spot Syndrome Virus in Shrimp

Background: White spot syndrome virus (wssv) is the causing agent for white spot disease in shrimp and many crustaceans. This disease is highly contagious and can cause death within 3 -10 days under normal culture conditions. Therefore, early diagnosis of the virus is a necessity.Materials and Methods: Primers were designed for three regions of the virus genome and one region of the shrimp genome so that they could function together in a reaction. DNA was extracted from 40 samples of shrimp suspected of white spot disease. Primers were then optimized individually to detect white spot virus and after selecting the most suitable one, the virus was detected simultaneously by two pairs of primers. Shrimp genome replication primers were also used as internal control.Results: Among the designed primers, three pairs of primers were selected that amplified one fragment of the shrimp genome and two fragments of the virus genome. Of the 40 samples examined, 28 samples were positive (infected with the virus) and 12 samples were negative, which completely matched the results obtained with the reference kit.Conclusion: To detect white spot virus, examination of two regions of the virus genome is sufficient and reduces the possibility of false negatives. It is also effective to use the shrimp genome to control DNA extraction and PCR steps. The singlestep method (PCR) is preferable to the twostep method (Nested PCR) due to its reduced probability of contamination and ease of use.