شناسایی مولکولی خرگوش دریایی خلیج‌فارس (aplysia sp.) بر اساس توالی ژن 16s rrna

هدف: خرگوش‌های دریایی جنس aplysia از جمله نرم‌تنان مورد توجه محققان مختلف برای بررسی فیلوژنی، ترکیبات شیمیایی زیست فعال و دستگاه عصبی هستند. این نرم‌تنان رژیم غذایی گیاهخواری دارند و به منظور دفاع از خود، ترکیبات شیمیایی (مرکب) تولید می‌کنند. تحقیق حاضر به شناسایی مولکولی خرگوش دریایی خلیج‌فارس (شهرستان بوشهر) با استفاده از توالی ژن 16s rrna پرداخته است. مواد و روش‌ها: نمونه‌برداری از سواحل شهرستان بوشهر صورت گرفت. dna کل با روش ctab استخراج شد و dna هدف با پرایمرهای یونیورسال 16sarl و 16sbrh تکثیر گشت. برای تحلیل‌های فیلوژنی از دو روش بیشینه درست‌نمایی وbayesian (به‌ترتیب با نرم‌افزارهای raxml و mr bayes) استفاده شد. برای الگوریتم ml، 1000 تکرار بوت استراپ تولید شد. در روش bayesian نیز برنامه برای 20 میلیون نسل اجرا و برای هر 1000 نسل یک درخت نمونه‌برداری شد. یافته‌ها: بر اساس درخت حاصل از روش likelihood maximum، خرگوش دریایی خلیج‌فارس و dactylomela aplysia با 87 درصد بوت استراپ و احتمال پسین بالا (1=pp) در یک کلاد قرار گرفتند. درخت فیلوژنی به دست آمده از روش bayesian نیز توپولوژی مشابهی نشان داد و در این روش نیز گونه خلیج‌فارس با 95.8 درصد بوت استراپ و احتمال پسین 1 در گروه خواهری a. dactylomela حمایت شد.نتیجه‌گیری: نتایج حاصل از آنالیز مولکولی توالی ژن 16s rrna نشان دهنده وجود یک گونه احتمالاً جدید از خرگوش‌های دریایی در منطقه خلیج‌فارس است، اما به منظور گزارش قطعی موقعیت گونه حاضر، انجام آنالیزهای فیلوژنی با استفاده از ژن coi و همچنین ویژگی‌های مورفولوژیک گونه لازم است.

Molecular Identification of the Persian Gulf Sea Hare (Aplysia sp.) Based on 16s rRNA Gene Sequence

Background: Sea hares of the Aplysia genus are among the mollusks of interest for various researchers to study their phylogeny, bioactive compounds and the nervous system. These mollusks are herbivorous and produce chemical compounds (ink) to defend themselves. The present study provided molecular identification of the Persian Gulf (Bushehr city) sea hare using 16s rRNA gene sequence.Materials and Methods: Sampling was done in coastal waters of Bushehr (Bushehr Province, Iran). Total DNA was extracted using CTAB method and target DNA was amplified by 16sarL and 16sbrH universal primers. For phylogenetic analysis, both Maximum Likelihood and Bayesian methods (by RAxML and Mr. Bayes programs, respectively) were used. For ML algorithm, 1000 bootstrap replicates were generated. In Bayesian approach, the program was implemented for 20 million generations and one tree for every 1000 generations was sampled.Results: Based on the obtained tree from ML method, Persian Gulf sea hare and Aplysia dactylomela were placed in a clade with 87% bootstrap and high posterior probability (PP=1). The obtained phylogenetic tree from Bayesian approach showed similar topology. The Persian Gulf sea hare with 95.8% bootstrap and PP=1 was again supported in the sister group of A. dactylomela.Conclusion: The results from the molecular analysis of 16s rRNA gene sequence indicate probable existence of a new species of sea hare in the Persian Gulf region. In order to determine the exact position of the present species, the phylogenetic analysis of COI gene sequence and morphological characteristics are essentials.