طراحی و ارزیابی این‌سیلیکو آغازگرهای اختصاصی ژن hbz ویروس htlv-1 جهت راه اندازی روش semi-nested pcr

ویروس لنفوتروپیک سلول t انسانی نوع 1 (htlv-1)، تنها رتروویروس سرطان‌زای انسانی است که با بیماری‌هایی نظیر لوسمی/ لنفوم سلول t بالغین (atl) و فلج اسپاستیک گرمسیری مرتبط می‌باشد. روش‌های سرولوژیکی مانند الایزا و وسترن بلات، ابزارهای رایجی برای تشخیص این ویروس هستند اما محدودیت‌هایی دارند. روش‌های مبتنی بر pcr با شناسایی مستقیم ماده ژنتیکی ویروس، حساسیت بالاتری ارائه می‌دهند. ژن hbz ، که توسط رشته منفی پروویروس htlv-1 کد می‌شود، نقش مهمی در سرطان‌زایی دارد و برخلاف سایر ژن‌های ویروسی، دچار جهش‌های مداوم نمی‌شود. در این مطالعه، ژن hbz برای طراحی آغازگرهای اختصاصی و توسعه آزمایش semi-nested pcr بررسی شد.مواد و روش‌ها در یک مطالعه مقطعی، توالی ژن hbz از ایزوله‌های گوناگون ویروس از پایگاه داده ncbi استخراج شد و با نرم‌افزار mega6 هم‌ردیف گردید. طراحی آغازگر از ناحیه محافظت ‌شده مشترک بین تمامی سویه‌ها انجام شد. جهت ارزیابی آغازگرها از نرم‌افزارهای oligoanalyzer و snapgene استفاده گردید. در مرحله آزمایشگاهی، dna ژنومی استخراج‌ شده از نمونه‌های خون، مورد واکنش semi-nested pcr قرار گرفت و محصولات حاصل با روش الکتروفورز ژل آگارز ارزیابی گردید. یافته‌ها طراحی آغازگرهای ژن hbz با استفاده از نرم‌افزارهای بیوانفورماتیکی به طور موفقیت‌آمیزی انجام شد. نتایج ارزیابی‌های این‌سیلیکو پس از سنتز و آزمایش آغازگرهای طراحی ‌شده، در آزمایشگاه تایید شد و با نتایج پیش‌بینی شده بیوانفورماتیکی یکسان بودند.نتیجه گیری طراحی آغازگرهای ژن hbz و توسعه آزمایش semi-nested pcr با موفقیت انجام شد. نتایج آزمایشگاهی، پیش‌بینی‌های بیوانفورماتیکی را تایید کرده و کارآیی این روش را برای تشخیص دقیق‌ و سریع‌ ویروس نشان داد.  

design and in-silico evaluation of specific primers for the hbz gene of htlv-1 to establish a semi-nested pcr method

htlv-1 is the only known oncogenic human retrovirus, linked to atl and ham/tsp. serological methods like elisa and western blot have sensitivity limitations, whereas pcr-based techniques offer more reliable detection. the hbz gene, consistently expressed in atl and asymptomatic carriers, correlates with proviral load. this study aimed to design specific primers targeting hbz for a highly sensitive semi-nested pcr assay.materials and methodsin a cross-sectional study, the hbz gene sequence was identified using the ncbi genbank database. sequences from various viral isolates were aligned using mega6 bioinformatics software. primers were designed from a conserved region shared by all htlv-1 strains. primer design and evaluation were conducted using primer-blast, primer3, oligo analyze, snapgene, and gene runner software. for the experimental phase, genomic dna extracted from blood samples underwent a two-step semi-nested pcr. the pcr products were then analyzed using agarose gel electrophoresis.resultsthe primers designed for the hbz gene successfully enabled the development of a semi-nested pcr assay. in silico predictions of primer performance were validated after synthesis and laboratory testing, with results aligning perfectly with the bioinformatics predictions.conclusions  this study demonstrates that the primers designed for the hbz gene, combined with the semi-nested pcr method, provide an effective means for detecting the htlv-1 provirus. both the bioinformatics and laboratory results confirmed the specificity and sensitivity of the method, underscoring its potential for rapid and accurate htlv-1 detection.