بررسی بیوانفورماتیکی توالی ژن اینتگراز ویروس‌های hiv-1 در بیماران ایرانی

اهداف: مهارکننده‌های متعددی برای مهار ویروس hiv1 معرفی شده‌اند ولی به‌علت وجود نمونه‌های مقاوم به درمان اکثر این تلاش‌ها بی‌نتیجه مانده است. هدف از مطالعه حاضر نیز بررسی موتاسیون‌های مقاومت به درمان در ژن اینتگراز ویروس ایدز و تاثیر این موتاسیون‌ها بر ساختار، عملکرد و ویژگی‌های فیزیکی و شیمیایی این آنزیم با استفاده از نرم‌افزارهای بیوانفورماتیکی بود.مواد و روش‌ها: 36 توالی مربوط به ژن اینتگراز ویروس hiv1 در بیماران ایرانی، از بانک ژنی ncbi دریافت شد و پس از تعیین موتاسیون‌ها در مقایسه با توالی مرجع، تغییرات پس‌ترجمه‌ای و خواص فیزیکی و شیمیایی آن مشخص شد. ساب‌تایپ توالی‌ها و همچنین ساختار دوم و سوم و برهم‌کنش‌های ممکن این آنزیم با مهارکننده‌های اصلی اینتگراز بررسی شد.یافته‌ها: بررسی توالی‌های انتخاب‌شده نشان‌دهنده موتاسیون‌های متعددی در این پروتئین بود. ساب‌تایپ غالب نمونه‌های مورد بررسی a1 بود و نتایج برهم‌کنش‌ها نشان داد موتاسیون‌های موجود در نمونه‌ها هیچ‌گونه تاثیر معنی‌داری بر برهم‌کنش مهارکننده‌ها با آنزیم اینتگراز ندارند.نتیجه‌گیری: دمین کاتالیتیک آنزیم اینتگراز محل اتصال اغلب مهارکننده‌های این آنزیم است که اغلب موتاسیون‌ها در ناحیه‌ای خارج از این دمین قرار گرفته‌اند و این موضوع می‌تواند دلیل اصلی عدم تاثیر این موتاسیون‌ها بر برهم‌کنش مهارکننده‌ها و آنزیم اینتگراز باشد. به‌صورت کلی یافته‌های این مطالعه نشان می‌دهد که مهارکننده‌های اینتگراز می‌توانند به‌عنوان روش موثری به‌منظور مهار این بیماری برای بیماران ایرانی استفاده شوند.

Bioinformatics Study of HIV-1 Integrase Gene Sequences in Iranian Patients

Aims: Many inhibitors have been introduced for the treatment of HIV1 infections; however, most of these efforts have been failed due to the presence of resistant strains. The purpose of the current study was to investigate the treatmentresistance mutations in the HIV virus integrase gene and the effect of these mutations on the structure, function, and physical and chemical properties of this enzyme using bioinformatics software.Materials Methods: 36 HIV1 integrase sequences form Iranian patients were obtained from the NCBI Genbank. After determining the mutations compared to the reference sequence, its postmodification and physical and chemical properties were described. Sequences subtypes, as well as the second and third structures, and possible interactions of this enzyme with the main inhibitors of the integrase were examined.Findings: The analysis of selected sequences indicated a number of mutations in this protein. The subtype of most of the samples was A1 and the results of the analysis of the interaction showed that the mutations in the samples had no significant effect on the interaction of inhibitors with the integrase enzyme.Conclusion: The binding site of these inhibitors is often found in the catalytic domain of integrase enzyme, and the results of this study depicted that most mutations were located outside this region, and this may be the main reason for the failure of these mutations to affect the interaction of inhibitors and integrase enzyme. Generally, the findings of this study suggest that antiHIV inhibitors of HIV1 can be used as an effective way to control this disease for Iranian patients.