آنالیز نواحی تکراری چند ناحیه ای (mlva) به منظور تیپ بندی سویه های سودوموناس آئروژینوزای عامل عفونت ادراری

سابقه و هدف: سودوموناس آئروژینوزا یکی از شایع ترین عوامل عفونت های ادراری در بیمارستان ها می باشد. هدف از این مطالعه تعیین تیپ تعدادی از جدایه های بدست آمده از بیماران به روش mlva به منظور رسیدن به یک الگوی ژنتیکی مشخص برای دسته بندی آنها می باشد.مواد و روش ها: در این مطالعه 70 سویه سودموناس آئروژینوزا از نمونه ادراری بیماران در بیمارستان های تهران جمع آوری شد. برای بررسی ژنوتیپی بر اساس روش mlva، ابتدا از نمونه ها استخراجdna ژنومی انجام شد. سپس توالی های تکراری پشت سرهم (vntr) موجود در ژنوم باکتری ها که درون نواحی ژنی ms-213، ms-214، ms-215، ms217، ms-222، ms-223، ms-142 و ms-173 قرار داشتند، توسط پرایمرهای اختصاصی به روش pcr تکثیر شدند. پس از اطمینان از تکثیر ژن های مورد نظر با استفاده از ژل الکتروفورز، ارتباط تکاملی و تیپ بندی آنها با روش mlva بررسی شد.یافته ها: بعد از الکتروفورز محصول pcr و تعیین تعداد vntrها، 70 سویه بدست آمده در 39 تیپ دسته بندی شده و نمودار درخت تکاملی ژنی رسم گردید. بر اساس الگوی mst، 70 سویه بالینی به 11 کمپلکس کلونال (clonal complex) تقسیم شدند که این معیار نشان دهنده فاصله ژنتیکی بر اساس اختلاف در تعداد vntr در هر یک از گروه ها بود. نتیجه گیری: مطالعه حاضر نشان داد که mlva یک روش موثر برای تیپ بندی سویه های بالینی سودوموناس آئروژینوزا می باشد. نتایج بدست آمده نشان دهنده پتانسیل بالای این روش در تمایز بین سویه هایی که از نظر فنوتیپی بسیار شبیه به یکدیگر بود، می باشد.

Multiple Locus Variable Number Tandem Repeat Analysis (MLVA) for Typing Pseudomonas Aeruginosa Isolated from Urine Samples of Different Patients

BACKGROUND AND OBJECTIVE: Pseudomonas aeruginosa is considered as one of the important causes of urinary infections in hospitals. The aim of the current study is the genetic typing for the number of bacterial strains isolated from patients using MLVA technique.METHODS: In this study, 70 isolates were collected from different hospitals located in Tehran city. First, DNA extraction was conducted for genotyping analysis by MLVA method. Subsequently, VNTR sequences located in several genes of bacterial genomes such as MS214, MS215, MS217, MS222, MS223, MS142 and MS173 were amplified by specific primers using PCR technique. After confirming the PCR amplification using electrophoresis and visualization of their bonds on agarose gel, relationship evolutionary graph for the different strains was constructed based on MLVA technique.FINDINGS: After the electrophoresis and determination of VNTR copynumbers, 70 strains were classified as 36 types. The genetic evolutionary tree was also constructed based on VNTRs Data. According to the results, PCR products of 70 strains visualized by electrophoresis are divided to 39 types based on VNTR analysis. Evolution tree and MSR algorithm was also constructed for all 70 clinical isolates. According to the MST algorithm, 70 clinical strains divided into 11 clonal complexes which these criteria is interpreted as genetic distance based on the difference of VNTR copy numbers for each groupCONCLUSION: The present study showed that MLVA could be helpful for typing clinical strains of P. aeruginosa. The results also showed that this method had great potential to differentiate those strains with high phenotypic similarity.