شناسایی سریع پاتوژن‌های قارچی در نمونه‌های کشت خون بیماران سوختگی شدید با روش panfungal pcr

سابقه و هدف: عفونت قارچی خون یکی از علل مرگ و میر بیماران دچار ضعف ایمنی از جمله بیماران دچار سوختگی وسیع محسوب می شود. از آن جا که روش های کشت خون و شناسایی عوامل قارچی عفونت های خون حساسیت پایینی داشته و به زمان زیادی نیز احتیاج دارند، این تحقیق با هدف شناسایی پاتوژن های قارچی در نمونه های کشت بیماران سوختگی شدید مشکوک به بیماری های قارچی تهاجمی با روش panfungal pcr طراحی گردید.مواد و روش ها: تعداد 400 نمونه کشت خون مربوط به 112 بیمار سوختگی شدید مشکوک به بیماری قارچی تهاجمی وارد مطالعه شد. پس از استخراج dna ناحیه ژنی 18srrna با واکنش های زنجیره ای پلیمراز تکثیر گردید. محصول pcr با استفاده از برنامه مرکز اطلاعات بین المللی بیو تکنولوژی تعیین توالی و شناسایی شدند.یافته ها: تعداد 44 (2/39 درصد) نمونه کشت خون 112بیمار مثبت گردید. ) میانگین سنی بیماران pcr مثبت7/14 ± 9/31 سال و طول مدت بستری 3/10 ± 8/21 روز وکل سوختگی 19 ± 6/42 درصد بود. محصول pcr 20 بیمار pcr مثبت، به طور تصادفی تعیین توالی گردید و گونه های آسپرژیلوس فومیگاتوس (11 مورد؛ 55 درصد)، کاندیدا تروپیکالیس (5 مورد؛ 25 درصد)، کاندیدا آلبیکنس (1 مورد؛ 5 درصد)، کاندیدا پاراپسیلوزیس (1 مورد؛ 5 درصد)، آگاریکومایکوتینا (1 مورد؛ 5 درصد) و پنیسیلیوم (1 مورد؛ 5 درصد) شناسایی شدند. در سه بیمار گونه های شناسایی شده از کشت خون مثبت با روش روتین وروش مولکولی تطابق داشتند.استنتاج: روش مولکولی panfungal pcr در تشخیص سریع قارچ های پاتوژن در کشت خون بیماران در معرض خطر بیماری های قارچی تهاجمی سودمند و نویدبخش است.

Rapid Detection of Fungal Pathogens in Blood Cultures of Severely Burned Patients Using Panfungal PCR Assay

Background and purpose: Fungemia is a significant cause of morbidity and mortality among immunocompromised patients such as severe burns. Due to low sensitivity and long turnaround time of the traditional biphasic BHI blood culture to detect fungemia we aimed to detect fungal elements in blood culture of these patients suspected with invasive fungal disease (IFDs) using panfungal PCR assay.Materials and methods: Four hundred blood cultures were obtained from 112 severely burned patients suspected with IFDs. DNA was extracted and a pair of fungal universal primers was used to amplify the 18SrRNA gene. The PCR product was sequenced and identified using the nucleotide Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). Results: 44(39.2%) Blood culture of 112 patients (mean age: 31.9 ±14.7 years) were positive. In PCR positive patients, mean burn size was 42.6 ±19 % of total body surface area and average hospital length of stay was 21.8 ±10.3 days. In three patients, same species of fungi were determined in both sequencing of PCR products and the classical procedures of blood culture. Randomly sequencing of 20 PCR products revealed Aspergillus fumigatus (n=11 55%), Candida tropicalis (n=5 25%), C. albicans (n=1 5%), C. parapsilosis (n=1 5%), Agaricomycotina (n=1 5%), and Penicillium (n=1 5%) as causative agents.Conclusion: Panfungal PCR assay on blood culture seems to be a promising method for rapid detection of fungi in blood culture of patients at risk for IFDs.