مطالعه تنوع ژنتیکی باکتری‌های escherichia coli جداسازی شده از نمونه های عفونت اداری با استفاده از rapd-pcr

سابقه و هدف: راه های تشخیص باکتری e. coli، کشت، روش های سرولوژی و ملکولی می باشد. در روش مولکولی با استفاده از پرایمرهای کوچک تصادفی، اقدام به تولید محصولات pcr می گردد. هدف از مطالعه حاضر، بررسی تنوع ژنتیکی در باکتری های اشریشیاکلی می باشد. هم چنین با استفاده از دو سویه شایع enteropathogenic e. coli (st.1) و enterohaemorrhagic e. coli (st.2)، میزان قرابت باکتری های جداسازی شده با این دو سویه نیز مطالعه می گردد.مواد و روش ها: در مطالعه ی تجربی حاضر 50 نمونه باکتری اشرسیاکلی جدا شده از نمونه های ادراری با آزمایشات بیوشیمیایی تعیین هویت مجدد شدند. سپس استخراج dna با استفاده از کیت انجام شد و محصولات حاصل از pcr پس از الکتروفورز ارزیابی شدند. ماتریس یک/صفر باندها در excel وارد و سپس با کمک برنامه های ntsyspc2.02 و mvsp 3.2 مورد بررسی قرار گرفتند.یافته ها: در مجموع از 8 پرایمر، 129 باند تولید شد. بیش ترین تعداد باند تولیدی، مربوط به پرایمر 2 با 24 باند می باشد. 42 باند پلی مورف، 10 باند مشترک در تمام پرایمرها و 22 باند اختصاصی ویژه هر یک از پرایمرها به دست آمد. بزرگ ترین باند به اندازه kb 3/7 مربوط به پرایمر یک و کوچک ترین باند به اندازه kp 80 مربوط به پرایمرهای 7 و 8 می باشد. براساس الگوی دندروگرام upgma و الگوی رسته بندی سه بعدی pcoa، ایزوله های 33، 47، 48 و 50 قرابت ژنتیکی نسبی با دو سویه استاندارد st.1 و st.2 از خود نشان دادند.استنتاج: ایزوله ها با ترسیم رسته بندی سه بعدی pcoa، تنوع ژنتیکی بالایی را از خود نشان دادند که بیانگر وجود تنوع مراکز آلودگی در انتشار باکتری های مورد نظر می باشد. انگشت نگاری ایزوله ها با این روش، قدرت تکرارپذیری بالایی را نشان داد و این می تواند درجه بالایی از اطمینان و صحت را در مورد این تکنیک نشان دهد.

Genetic Variation of Escherichia coli Bacteria Isolated from Urinary Tract Infections Using RAPD-PCR

Background and purpose: E. coli bacteria is detected by culture, serology and molecular methods. In molecular methods PCR products are created using little random primers. The main purpose of this research was to study the genetic diversity of Escherichia coli bacteria. Also, the propinquity of isolated bacteria with two common strains of EnteroPathogenic E. coli (St.1) and EnteroHaemorrhagic E. coli (St.2) was studied.Materials and methods: An experimental study was performed in which 50 E. coli bacteria were isolated from urine samples and reidentified using biochemical tests. DNA was extracted by a kit and PCR products were evaluated after electrophoresis. The matrix of one/zero of bands was entered in Excel and studied by NTSYSPC2.02 and MVSP 3.2 programs.Results: Eight primers were used from which 129 bands were produced. The highest number of bands were produced by primer 2 (n=24). We observed 42 polymorphic bands, 10 common bands in all primers, and 22 special bands in each primer. The largest band appeared in primer 1 (17.3 kb) and the smallest band was observed in primers 7 and 8 (80 bp). Based on UPGMA dendrogram pattern and PCoA 3D ordination, four isolates including 33, 47, 48 and 50 showed relative genetic propinquity with St.1 and St.2.Conclusion: Drawing PCoA 3D ordination showed high genetic diversity in isolates, indicating different pollution centers in spreading the bacteria. Fingerprinting of isolates showed high repeatability in technique illustrating its high degree of accuracy and reliability.