تشخیص سریع موتاسیون در ژن عامل مقاومت به ریفابوتین در سویه های کلینیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس به روش Allele Specific PCR

سابقه و هدف: تشخیص مولکولی مقاومت در آنتی بیوتیک‌های موثر روی سویه‌های کلینیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. در این مطالعه طراحی روشی جهت تشخیص سریع موتاسیون‌های مرتبط به مقاومت در ژن عامل مقاومت به آنتی بیوتیک ریفابوتین مورد بررسی قرار گرفت.مواد و روش‌ها: 40 سویه کلینیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس شامل 12 سویه مقاوم به ریفابوتین و28سویه حساس به این آنتی‌بیوتیک مورد استفاده قرار گرفتند که نمونه‌ها از بانک میکروبی مرکز تحقیقات سل و عفونی کودکان دانشگاه علوم پزشکی اراک اخذ شد. پرایمرهای اختصاصی با کمک نرم افزارهای blast، idt و mega طراحی و تصحیح شدند. پرایمرهای طراحی شده جهت واکنش allele specific pcr از ´3 قابلیت اتصال به نوکلئوتیدهای موتانت در کدون‌های 516-526-531 ژن rpob را داشته و قابلیت شناسایی حالت موتانت را داشتند، لذا عدم تشکیل باند در محصول pcr به معنی مقاوم بودن سویه به ریفابوتین بود. قطعه مورد نظر در تعدادی از نمونه‌ها تعیین ترادف شده و با نتایج به‌دست آمده مقایسه گردید.یافته‌ها: از 12 سویه مقاوم به ریفابوتین مایکوباکتریوم توبرکلوزیس با کمک روش allele specific pcr مورد مطالعه،10 سویه به عنوان سویه‌های موتانت در یکی از 3کدون اصلی تشخیص داده شدند. سویه‌های حساس نیز فاقد موتاسیون در این کدون‌ها بودند. حساسیت روش معادل80 درصد با 95% ci:0.55-0.95 و ویژگی آن معادل 100 درصد با 95% ci:0/87-1 محاسبه گردید. نتایج تعیین ترادف (سکوئنس) موید نتایج به دست آمده بود.استنتاج: نتایج مطالعه حاضر نشان می‌دهد که allele specific pcr روشی ساده و سریع برای تشخیص سریع مقاومت به ریفابوتین در سویه‌های کلینیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس بوده و جهت استفاده روتین پیشنهاد می‌شود.