تعیین هویت دیکروسلیوم دندریتیکوم جدا شده از نشخوارکنندگان کوچک استان آذربایجانشرقی با استفاده از ژن های nad1 و its2

سابقه و هدف: دیکروسلیوم دندریتیکوم از مهمترین و شایعترین فلوکهای کبدی علفخوارن اهلی و وحشی است. با این وجود، در ارتباط با خصوصیات ژنومی این ترماتود مهم و دارای اهمیت زئونوتیک اطلاعات کمی وجود دارد. این مطالعه با هدف تعیین تنوع درون گونه‌ای در دیکروسلیوم دندریتیکوم جدا شده از گوسفندها و بزهای استان آذربایجانشرقی، از طریق آنالیز ژن‌های میتوکندریائی nad1 و ریبوزومی its2 انجام شد.مواد و روش‌ها: در این مطالعه، dna نمونه‌های دیکروسلیوم دندریتیکوم استخراج شدند. سپس قطعاتی از ژن‌های هدف از طریق pcr معمولی تکثیر شدند. نمونه‌های pcr از هر قطعه ژن مربوط به ایزوله‌های گوسفندی (6 نمونه) و بزی (4 نمونه) برای تعیین توالی ارسال شدند. توالی‌های به‌دست آمده با استفاده از نرم‌افزار bioedit تصحیح شدند و با استفاده از الگوریتم clustalw در نرم‌افزار mega7.0 با همدیگر هم تراز شدند. هم‌چنین توالی‌های مربوط به مطالعه‌ی حاضر با تعدادی از توالی های ثبت شده در ncbi، با روش blast مقایسه شدند تا تشابه‌ها و تفاوت‌های موجود بین ایزوله‌های مطالعه‌ی حاضر با سایر ایزوله‌ها مشخص شوند. در نهایت، برای تعیین موقعیت فیلوژنی ایزوله‌های دیکروسلیوم دندریتیکوم، درخت فیلوژنی مربوط به هر ژن با استفاده از نرم‌افزار mega7.0 و با روش neighbor-joining ترسیم شد.یافته‌ها: آنالیز توالی‌ها نشان داد که در بین توالی‌های its2 فقط یک نوکلئوتید متفاوت به شکل افزایشی در یک نمونۀ گوسفندی مشاهده شد و براساس همین تفاوت فقط دو نوع هاپلوتایپ در بین ایزوله‌های دیکروسلیوم دندریتیکوم مشاهده شد. آنالیز توالی‌های nad1 هیچ تفاوت درون گونه‌ای را نشان نداد. در مطالعۀ حاضر مقایسۀ توالی‌های its2 و nad1، به‌جز با چند توالی معدود، شباهت 100 درصدی با سایر توالی‌های انتخاب شده از ncbi نشان دادند. با ترسیم درخت فیلوژنی به وضوح مشخص شد که توالی‌های هر کدام از ژن ها هم با خود و هم با اکثر توالی‌های ncbi در یک شاخه قرار گرفتند.استنتاج: در این مطالعه با استفاده از ژن nad1 تفاوت درون گونه‌ای برای دیکروسلیوم دندریتیکوم مشاهده نشد. بنابراین برای اثبات وجود تنوع درون گونه‌ای دیکروسلیوم دندریتیکوم بهتر است از ژن ریبوزومی its2 استفاده شود.

identification of dicrocoelium dendriticum isolated from small ruminants of east azerbaijan province using its2 and nad1 gene markers

background and purpose: dicrocoelium dendriticum is the most important liver fluke of the domestic and wild herbivores. nevertheless, there is scarce data on the genetic characteristics of this important zoonotic trematode. this study aimed to determine the intraspecific variations within d. dendriticum samples from sheep and goats in east azerbaijan province, northwestern iran, through the analysis of mitochondrial nad1 and ribosomal its2 genes.materials and methods: in this study, dna was extracted from the d. dendriticum samples. subsequently, the nad1 and its2 genes were amplified through conventional pcr method. pcr products from each gene for sheep (6 samples) and goat (4 samples) isolates were sent for sequencing. the obtained sequences were edited through bioedit software and aligned with each other using the clustalw algorithm in mega7.0 software. similarly, all nucleotide sequences were compared with some sequences deposited in the ncbi, based on blast function. finally, to determine the phylogenetic status of d. dicrocoelium isolates, a phylogenetic tree relevant to each gene marker was constructed using the neighbor-joining method in mega7.0 software to investigate the similarities and differences between isolates from different geographical regions around the world and our d. dendriticum samples.results: the analysis of sequences showed that, among the 4 its2 sequences, there was only one additional nucleotide relevant to one of the sheep isolates, while no difference was found among the sequences of nad1 fragments. in the blast comparison, except for a few sequences, 100% similarity was found between our sequences and reference sequences from ncbi. phylogenetic tree construction indicated that both its2 sequences and nad1 fragments were clearly grouped in a clade, both separately and together, with the majority of selected sequences from ncbi.conclusion: the haplotype difference was not observed for the nad1 gene, so it is better to use the its2 gene to detect different haplotypes of d. dendriticum.