معرفی یک متد تشخیصی برای شناسایی ژنوم ویروس sars-cov2 با استفاده از روش sybr green real-time pcr

سابقه و هدف: روش‌های متفاوتی برای تشخیص مولکولی ژنوم ویروس کرونا معرفی شده است که روش های مبتنی بر تکثیر ژنوم از موثرترین تست‌ها برای تشخیص ویروس هستند. از آنجایی که اکثر کیت‌های تایید شده pcr برای تشخیص ویروس کرونا بر پایه taqman real time pcr هستند که به دلیل استفاده از پروب‌های حاوی فلئورسنت و کوئینچر هزینه تمام شده بالایی دارند. لذا، هدف از این مطالعه طراحی روشی ارزان و ساده برای تشخیص ژنوم ویروس کرونا براساس تست کمی pcr- sybr green برای ژن نوکلئوکپسید ویروس بوده است. مواد و روش‌ها: پرایمرهای اختصاصی برای ژن نوکلئوکپسید ویروس و نیز ژن کنترل انسانی به وسیله نرم‌افزار oligo طراحی شد و از نظر اختصاصیت به‌وسیله قابلیت primer-blast پایگاه ncbi مورد بررسی قرار گرفتند. نمونه‌های سواب بینی از 10 بیمار کرونایی تایید شده به‌وسیله pcr و نیز 10 فرد کنترل دریافت گردید و وارد مطالعه شدند. یافته‌ها: واکنش‌های طراحی شده با انطباق کامل با کیت مورد تایید وزارت بهداشت عمل افتراق افراد سالم از افراد بیمار انجام گرفت به طوری که cut-off برای ct واکنش برای جفت پرایمر n1 برابر با 39/72 و برای جفت پرایمر n2، 39/69 محاسبه گردید. استنتاج: واکنش طراحی شده براساس sybr green real time pcr پتانسیل شناسایی ژنوم ویروس کرونا در نمونه های بالینی را از خود نشان داد و این روش در صورت طراحی مناسب پرایمرها و شرایط استاندارد واکنش می‌تواند به عنوان جایگزین کم هزینه‌تری برای روش taqman real time pcr مطرح گردد.

introducing a new sybr green real-time pcr for detection of sars-cov2 virus genome

background and purpose: there are various methods for molecular detection of sars-cov2 genome among which, pcr-based methods are the most reliable for making diagnosis. the majority of approved pcr kits for detection of coronavirus are based on taqman real-time pcr which is expensive due to incorporating fluorescent and quencher-harboring probe. the aim of this study was to design a simple and affordable method for detection of sars-cov2 based on a more affordable sybr green qpcr method.materials and methods: specific primers were designed for the virus nucleocapsid gene and the human control gene using oligo software. the specificities of the primers were examined by primer-blast capability according to ncbi database. nasal swab samples were obtained from 10 pcr-confirmed covid-19 patients and 10 healthy control people.results: the designed reactions were performed in full compliance with the kit approved by the ministry of health to discriminate healthy individuals from covid-19 patients. the ct cut-off values calculated for n1 and n2 reactions were 39.72 and 39.69, respectively.conclusion: the designed sybr green-based reaction showed a potential role for detection of sars-cov2 genome in clinical samples and this method can be considered as a less-expensive alternative to taqman real time pcr if the primers and standard reaction conditions are properly designed.