مطالعه‌ی بیوانفورماتیکی و تجربی بیان ژن‌های ube2wو ssx2ip در سلول‌های‌ سرطانی hepg2 تیمار شده با ملاتونین

سابقه و اهداف: هدف از مطالعه حاضر ارزیابی بیوانفورماتیکی و تجربی تاثیر ملاتونین بر بیان ژن های ube2w و ssx2ip در رده سلولی hepg2 تیمار شده با داروی ملاتونین می باشد. ube2w پروتئینی را رمزگذاری می کند که باعث افزایش یوبی کویتینه شدن پروتئین های گروه مکمل آنمی فانکونی شده و ممکن است در ترمیم آسیب dna مهم باشد. ssx2ip متعلق به سیستم اتصال سلولی است که در حرکت سلول دخیل است و به عنوان یک عامل بلوغ سانتروزوم عمل می کند.مواد و روش ها: در ابتدا، نرم افزار matlab 2018a برای ارزیابی میزان بیان ژن های ube2w و ssx2ip از داده های میکرو آرایه مورد استفاده قرار گرفت. سپس، بعد از طراحی و تهیه پرایمرها، آزمایشات تجربی شامل تست mtt و realtime pcr انجام گرفت.یافته‌ها: نتیجه تست mtt نشان داد که زنده مانی سلول مورد مطالعه در گروه تیمار شده با ملاتونین بصورت معنی داری کاهش می یابد و میزان ic50 برای 48 ساعت برابر 450 میکرومولار تخمین زده شد. نتایج realtime pcr ثابت کرد که میزان بیان هر دو ژن مورد مطالعه در سلول های تیمار شده با ملاتونین در مقایسه با گروه شاهد افزایش ( غیر معنی دار p ge; 0.05 در 24 ساعت و معنی دار p le;0.05 در 48 ساعت) می یابد که هم راستا با نتایج آنالیز بیوانفورماتیکی می باشد.استنتاج: نتایج این مطالعه نشان می دهد که ube2w و ssx2ip می توانند به عنوان ژن هدف در درمان هپاتوسلولار کارسینوما به کار گرفته شود، اگر چه برای تایید این نتایج نیاز به انجام مطالعات گسترده می باشد.

Bioinformatics and Experimental Evaluation of UBE2W and SSX2IP Expression Levels in HepG2 Cancer Cells Treated with Melatonin

Background and purpose: The aim of this study was to bioinformatically and experimentally evaluate the effect of melatonin on the expression levels of UBE2W and SSX2IP genes in melatonin treated Human Hepatocellular carcinoma G2 (HepG2) cancer cell line. UBE2W encodes a protein that promotes ubiquitination of Fanconi anemia complementation group proteins and may be important in the repair of DNA damage. SSX2IP belongs to an adhesion system, involved in cell movement and acts as a centrosome maturation factor.Materials and methods: At first, as a bioinformatics tool, MATLAB 2018a software was employed to evaluate the UBE2W and SSX2IP genes expression levels using microarray data. Then, after designing and preparing the primers, MTT and Realtime PCR were carried out in three replicates.Results: MTT assay showed that the viability of cancer cell significantly decreased in melatonin treated group (P le;0.01). The IC50 value was estimated to be 2080 micro;M for 48 hours, but no significant changes were seen in the survival of human normal cells (HUVECC) (P ge;0.05). Realtime PCR proved that the expression levels of both genes increased (P ge;0.05 in 24h and P le; 0.05 in 48h) in melatonin treated cells compared to untreated group, which was in accordance with bioinformatics analysis.Conclusion: Our study showed that UBE2W and SSX2IP genes could be used as therapeutic target genes for Hepatocellular carcinoma. However, complementary studies are needed to prove current findings.