بررسی خوشه های پروتئینی در بیماری آتروفی عضلانی با استفاده از آنالیز شبکه تعامل

سابقه و هدف: یکی از بیماری‌های شایع ناشی از ابتلا به بسیاری از بیماری‌ها و کهولت سن، آتروفی عضلانی است. بررسی اتفاقات مولکولی موثر در ایجاد بیماری می‌تواند اطلاعات مفیدی در خصوص ارتقا روش‌های درمانی و حمایتی از بیماران فراهم نماید. این مطالعه با هدف بررسی تغییرات مولکولی در سطح ارتباطات پروتئینی با ترسیم و آنالیز شبکه تعامل پروتئینی بیماری اتروفی عضلانی، انجام پذیرفت.مواد و روش‌ها: در این مطالعه تجربی، با استفاده از نرم‌افزار cytoscape و منبع stringشبکه برهم کنش پروتئین‌ها رسم و به کمک الگوریتم‌های وابسته به cytoscape آنالیز شاخص‌های مرکزیت و خوشه‌های پروتئینی به کمک network analyzer و mcode انجام گردید. هستی‌شناسی کمپلکس‌های شبکه به کمک نرم‌افزار bingo بررسی شد.یافته‌ها: تعداد 5 پروتئین مرکزی شامل akt1، alb، dmd، smn1و smn2 در شبکه شناسایی، و 6 خوشه پروتئینی که 2 خوشه اول آن‌ها برای آنالیز هستی‌شناسی در نظر گرفته شد معرفی گردید.استنتاج: کلیه پروتئین های مهم در این خوشه‌ها به صورت پراکنده وجود داشتند. به نظر می‌رسد که پانل بیومارکری معرفی شده شامل akt1، alb، dmd، smn1و smn2 می‌تواند در درک بهتر بیماری موثر باشد.

Evaluation of Protein Complexes in Muscular Atrophy Using Interaction Map Analysis

Background and purpose: Muscular atrophy is a condition derived from different diseases and aging. Molecular study of the disease condition can help in developing diagnostic methods and treatment approaches. In this study, protein interaction network was analyzed to understand molecular events at protein levels.Materials and methods: In this experimental study, the network was constructed and analyzed using Cytoscape and its plugin STRING. In addition, Network Analyzer and MCODE were applied to analyze the centrality and clustering, respectively. Bingo explored the gene ontology of the determined protein complexes.Results: The findings showed five key genes in the network of atrophy including AKT1, ALB, DMD, SMN1, and SMN2. Furthermore, six clusters of proteins were obtained from which two significant ones were considered for gene ontology analysis.Conclusion: All the central proteins, AKT1, ALB, DMD, SMN1, and SMN2 are present in the clusters of our interests. It can be concluded that the panel of biomarkers introduced could be of great help in understanding the pathology of muscular atrophy.