طراحی واکسن پپتیدی مولتی اپی توپ علیه sars-cov-2مبتنی بر داده های ایمنوانفورماتیک

سابقه و هدف: در سال 2019، جهان شاهد ظهور ویروسی تنفسی در انسان بود که سبب بروز سندرم حاد تنفسی با میزان مرگ و میر بالا شد. sarscov2 به‌سرعت در جهان منتشر شد و تاکنون درمان موثری برای آن پیدا نشده است. در این مطالعه، ما قصد داریم یک واکسن مولتی اپی‌توپ با ترکیب چندین اپی‌توپ سلول t و سلول b ویروس covid19 طراحی کنیم.مواد و روش‌ها: جهت بررسی‌های ایمنوانفورماتیکی، اپی‌توپ‌های سلول b و سلول t با استفاده از سرور iedb پیش‌بینی شدند. سپس اپی‌توپ‌های برتر به وسیله لینکر مناسب به یکدیگر متصل شدند و توالی مولتی اپی‌توپ حاصل به عنوان کاندید ساخت واکسن علیه sarscov2 پیشنهاد شد.یافته‌ها: در این مطالعه، 28 اپی‌توپ سلول b و 33 اپی‌توپ سلول t پیش‌بینی شدند، سپس برای طراحی واکسن مولتی اپی‌توپ از 5 اپی‌توپ با بیش‌ترین میزان ایمنوژنیسیتی در ناحیه خارج ویریونی پروتئین spike و یک اپی‌توپ از هر کدام از پروتئین‌های envelope، membrane، nucleocapsid که در ناحیه داخل ویریونی قرار داشتند، انتخاب شده و با استفاده از لینکرهای انعطاف پذیر گلایسینی به هم متصل شدند.استنتاج: براساس نتایج ایمنوانفورماتیک بi‌دست آمده به نظر می‌رسد اپی‌توپ‌های مختلفی از پروتئین‌های ساختاری sarscov2 توانایی بالایی در تحریک پاسخ‌های ایمنی هومورال و سلولی داشته باشند، لذا واکسن مولتی‌اپی‌توپ طراحی شده با این اپی‌توپ‌ها می‌تواند کمک شایانی در تسریع تولید واکسن موثر علیه covid19 داشته باشد

Design of a Multi-epitope Peptide Vaccine against SARS-CoV-2 based on Immunoinformatics Data

Background and purpose: In 2019, the world has witnessed the emergence of a virus that caused acute respiratory distress syndrome in human with high mortality rates (approximately 3.7%). So far, no effective treatment has been proven against COVID19. This study aimed at designing a multiepitope vaccine combining several Tcell and Bcell epitopes of the SARSCoV2.Materials and methods: Based on immunoinformatics strategies, Bcell and Tcell epitopes were predicted using immune Epitope Database and Analysis Resource (IEDB). Then, the appropriate predicted epitopes were joined to each other by suitable linkers, and the multiepitope vaccine constructed was suggested as a vaccine candidate against SARSCoV2.Results: In this study, 28 Bcell epitopes and 33 Tcell epitopes were predicted. Then, to design the multi epitope vaccine, 5 epitopes were used from the virion surface of spike protein and one epitope was used from intravirion region of the Envelope, Membrane, and Nucleocapsid proteins that later on were joined with flexible glycine linker.Conclusion: Based on the immunoinformatics results obtained, it seems that different epitopes from SARSCoV2 structural proteins have high ability to stimulate humoral and cellular immune responses, so the multiepitope vaccine designed with these epitopes, can help to accelerate the production of effective vaccines against COVID19.