واکاوی مولکولی برخی نژادگان‌‌های انبه جنوب ایران براساس ناحیه بین ژنی trnh-psba

انبه یکی از مهمترین میوه‌‌‌‌های قاره آسیا و مناطق گرمسیر و نیمه گرمسیر دنیاست. در پژوهش حاضر تنوع ژنتیکی درون گونه‌‌ای 30 نژادگان‌ انبه از برخی مناطق دو استان جنوب کشور، کرمان و هرمزگان (رودان، منوجان، فاریاب، جیرفت، عنبرآباد، هیشین، دهکهان و بلوک) از راه ارزیابی ناحیه بین‌ژنی trnh-psba کلروپلاست مورد بررسی قرار گرفت. پس از نمونه‌برداری از برگ‌های جوان، استخراج dna و pcr با استفاده از آغازگرهای ژن‌trnh-psba(igs)  انجام شد. محصولات تکثیر شده مربوط به هر یک از نژادگان‌ های مورد مطالعه، پس از تعیین توالی در پایگاه داده ncbi ثبت شدند. واکاوی‌ها و ترسیم دندروگرام روابط فیلوژنتیک و ماتریس تشابه توالی‌‌ها با نرم افزارهای darwin، popgene و mega انجام شد تا روابط خویشاوندی و فاصله ژنتیکی بین نژادگان‌‌‌ها تعیین شود. تجزیه توالی‌‌ها نشان داد که در ناحیه بین‌ژنی trnh-psba در مجموع 361 جایگاه شناسایی شد. بررسی شباهت توالی نمونه‌‌های انبه مورد بررسی با یکدیگر نشانگر یک توالی مشترک 116 جفت بازی در میان آن‌ها بود. براساس دندوگرام حاصل از تجزیه خوشه ای، نژادگان‌‌‌ها در چهار گروه مختلف قرار گرفتند. بر اساس نتیجه‌های حاصل می‌‌توان نتیجه گرفت که استفاده از ناحیه بین‌ژنی trnh-psba برای مطالعه و شناخت تنوع و روابط درون گونه‌ای انبه مفید بوده است.

molecular analysis of some mango genotypes in southern iran based on trnhh-psba intergenic region

mango is one of the most important fruits in asia and the tropical and subtropical regions of the world. in this study, the intraspecific genetic variation of 30 mango genotypes (mangifera indica l.) from some regions (roudan, manoojan, faryab, jiroft, anbarabad, hishin, dehkahan and boluk) in two southern provinces of kerman and hormozgan was investigated by evaluating the trnh-psba intergenic region. after sampling the young leaves, dna extraction was done by using dellaporta method and pcr was conducted using trnh-psba (igs) primers. proliferated products of each genotype were recorded in the ncbi database after sequencing. analysis and drawing phylogenic relationships dendrogram and sequence similarity matrix was done by using darwin, popgene and mega softwares to determine genetic relationships and genetic distances between genotypes. sequence analysis showed that in the trnh-psba intergenic region, 361 positions were identified. studying the sequence homology of all mango samples represented a common sequence of 116 base pairs among them. based on the dendrogram resulted from cluster analysis, all genotypes classified in 4 groups. based on the results, it can be concluded that the use of the trnh-psba intergenic region was useful for studying and identifying the diversity and interrelationships of mango genotypes.