مقایسه کارایی دو نشانگر کلروپلاستی (psba-trnh و trnl-f) در تعیین روابط تبارزایی بین گونه‌‌های پلاخور (lonicera spp.) در ایران

جنس lonicera از تیره caprifoliaceae، در زبان فارسی به نام‌های پلاخور، شونگ و یا پیچ امین‌الدوله (honeysuckle) خوانده می‌شود. شناخت روابط بین گونه‌ای بر اساس روش‌های سنتی مانند ویژگی‌های ریخت‌‌شناسانه و ترکیب‌های شیمیایی گاهی نتایج متناقضی داشته‌اند. در مطالعه حاضر، به منظور بررسی کارایی رمزینه‌‌‌های dna در تعیین روابط تبارزایی بین 12 گونه از جنس lonicera زیر کشت در مناطق مختلف ایران از رمزینه‌‌‌های dna کلروپلاستی (psba-trnh و trnl-f) استفاده شد. محتوای dna ژنومی با استفاده از کیت‌‌های موجود استخراج و به منظور تکثیر دو ناحیه مورد نظر واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز (pcr) انجام شد و در نهایت نمونه‌‌های خالص‌‌سازی شده توالی‌یابی گردیدند. نتایج نشان دادند که طول منطقه psba-trnh و trnl-f به ترتیب در حدود 435-420 و 950-940 نوکلئوتید است. واکاوی پارسیمونی ناحیه psba-trnh و trnl-f به ترتیب 382 و 886 جایگاه حفاظت شده، 55 و 71 جایگاه متغیر و 15 و 16 جایگاه پارسیمون را نشان دادند. در درخت تبارزایی ایجاد شده با ناحیه psba-trnh، بیشترگونه‌‌ها به جز l. korolkovii و در ناحیه trnl-f، دو گونه l. korolkovii و l. maackii به خوبی از یکدیگر متمایز شده و در شاخه‌‌های متفاوت قرار گرفتند. تنوع و فاصله ژنتیکی (0.00 تا 0.209) بین گونه‌‌ها در ناحیه psba-trnh بیشتر از فاصله ژنتیکی (0.00 تا 0.027) ناحیه trnl-f بود. بنابراین، ناحیه psba-trnh با توجه به تنوع و تکثیر آسان، رمزینه مناسبی برای بررسی تنوع ژنتیکی گونه‌‌های پلاخور است.

comparison of the efficacy of two chloroplast dna marker (psba-trnh and trnl-f) in determining the phylogenetic relationships among honeysuckle species in iran

the genus lonicera belongs to the caprifoliaceae family, and in persian, it is called palakhor, shung, or aminoddoleh. understanding interspecific relationships based on traditional methods such as morphological features and chemical compositions has conflicting results. in this study, to evaluate the efficiency of dna barcode in determining the phylogenetic relationships of 12 species of lonicera under cultivation in different regions of iran, two chloroplast dna barcodes (psbatrnh and trnlf) were used. genomic dna extracted using available kits, and pcr reaction performed to amplify two regions, and finally, purified samples were sequenced. the results showed that the length of the psbatrnh and trnlf region are about 420435 and 940950 nucleotides, respectively. parsimony analysis of psbatrnh and trnlf showed 382 and 886 conserved sites, 55 and 71 variable sites, and 15 and 16 parsimony informative sites, respectively. phylogenetic trees created by the psbatrnh and the trnlf regions showed that most species (except l. korolkovii) and the two species l. korolkovii and l. maackii were well distinguished from each other, respectively and they were placed in different clusters. the genetic distance (0.00 to 0.209) between species in psbatrnh region is more than genetic distance (0.00 to 0.027) in trnlf region. therefore, the psbatrnh region owing to its diversity and reproducibility is a suitable barcode for studying genetic diversity between lonicera species.