بررسی تنوع ژنتیکی جدایه‌های ویروس موزائیک زرد کدو بر اساس قسمتی از ژن پروتئین پوششی

پروتئین پوششی نقش‌های متعددی را در مراحل سیکل آلودگی به عهده دارد و گزینه مناسبی برای مطالعات تبارزایی و تنوع ژنتیکی به حساب می‌آید. به منظور بررسی آنالیز تبارزایی، تنوع ژنتیکی و فشار انتخاب بر ژن پروتئین پوششی جدایه‌های ویروس موزاییک زرد کدو (zymv)، هفت جدایه b10، b21، b22، h7، w5، z3 و z14 از غرب کشور و از میزبان‌های متفاوت تعیین توالی و با 65 جدایه قابل دسترس در پایگاه داده‌های نوکلئوتیدی مورد مقایسه قرار گرفتند. همردیف سازی توالی ها و ترسیم درخت تبارزایی جدایه های این ویروس بر اساس 432 نوکلئوتید از ژن پروتئین پوششی در نرم‌افزار mega6 ترسیم و برآوردهای تنوع ژنتیکی و فشار انتخاب وارد بر پروتئین پوششی با نرم‌افزار dnasp انجام شد. نتایج همردیف سازی توالی ها نشان داد که جدایه های این تحقیق 86-100% با همدیگر و 85-99% با سایر جدایه های ایرانی تشابه نوکلئوتیدی داشتند. در بررسی تبارزایی، جدایه‌ها در سه گروه مجزا تفکیک شدند که جدایه‌های b10، b21، b22، h7 و z3 در گروه جدایه‌های ایرانی و اروپایی و دو جدایه z14 و w5 در گروهی مجزا همراه با جدایه‌های شرقی قرار گرفتند که نشاندهنده دو دودمان متفات جدایه های zymv در ایران است. بررسی نوترکیبی با نرم افزار rdp4 v.4.63 حاکی از عدم نوترکیبی در بخش از ژنوم بود.