شناسایی مولکولی ویروس پیسک توت‌فرنگی (strawberry mottle virus) از مزارع توت‌فرنگی استان کردستان بر اساس منطقه 3΄ncr

در تابستان 1397، علائم ویروسی شامل پیسک، بدشکلی و سوختگی حاشیه برگ ها از مزارع توت فرنگی استان کردستان مشاهده و تعداد 48 نمونه برگی جمع آوری شد. ابتدا برخی نمونه ها به گیاه محک fragaria vesca با استفاده از شته توت فرنگی (chaetosiphon fragaefolii) تلقیح و علایم مطابق با strawberry mottle virus (smov) ظاهر شد. سپس، آر ان ا کل از نمونه ها با روش سیلیکا استخراج و دی ان ا مکمل آن‌ها با آغازگرهای تصادفی شش تایی ساخته شد. pcr با آغازگرهای اختصاصی smov sm2ncr1a و smovsmdetncr4a انجام و قطعه ای به طول 461 جفت باز در 28 نمونه از 48 نمونه فوق تکثیر گردید. به‌منظور اطمینان از نتیجه rtpcr و بررسی مشخصات مولکولی، پنج جدایه براساس منطقه جغرافیایی، رقم میزبان و نوع علایم انتخاب و پس از الحاق به پلاسمید ptg19 در باکتری escherichia coliانتقال و پلاسمیدهای نوترکیب همسانه شده تعیین توالی شدند. میانگین فاصله ژنتیکی در بین جدایه های در این تحقیق در سطح نوکلئوتیدی 0.002 ± 0.005 و با سایر جدایه های موجود در بانک ژن 0.008 ± 0.084 بود. مقایسه دوبه دوی توالی های نوکلئوتیدی نشان داد که بیشترین و کمترین فاصله ژنتیکی به‌ترتیب میان جدایه k3 با جدایه nsper51 از کانادا (0.015 ± 0.093) و جدایه sqa یا ag با جدایه nb926 از کانادا (0.007 ± 0.019) وجود داشت.این اولین گزارش از شناسایی این ویروس در مزارع توت فرنگی استان کردستان می باشد.

Molecular identification of Strawberry mottle virus in strawberry fields of Kurdistan Province based on the 3΄NCR

In the summer of 2018, viral symptoms corresponded to Strawberry mottle virus (SMoV) in some strawberry fields were observed and 48 leaf samples/plants were collected from different fields from Kurdistan Province. In the preliminary test, some samples were inoculated to Fragaria vesca by strawberry aphid (Chaetosiphon fragaefolii) and SMoVsymptoms were observed after about two weeks. Then, total RNA of samples was extracted by silicacapture method and subjected to cDNA synthesize with random hexamer primers. RTPCR was done by specific SMoV pair primer and amplified fragments were observed on 1.2% agarose gels. RTPCR results were showed that 28 out of 48 samples were infected by SMoV. Based on the geographical origin, cultivar and symptoms, five isolates were selected, ligated to pTG19 and transformed to Escherichia coli. Recombinant plasmids were sequenced and analyzed for molecular characterization and phylogenetic studies on SMoV 3΄NCR. Mean genetic distance between the isolates from Iran was 0.005 ± 0.002 but between these isolates and the other isolates available in GenBank was 0.084 ± 0.008. The highest and lowest genetic distance was found between K3 with NSper51 (0.093 ± 0.008) and SQA/AG with NB926 (0.019 ± 0.017) from Canada, respectively. This is the first report on occurrence of SMoV on strawberry in Kurdistan Province.