بررسی مولکولی ژن های مقاومت تتراسایکلین در باکتری شیگلا سونئی جدا شده از نمونه بالینی و اثر عصاره علف چشمه (nasturtium officinal) بر بیان ژن مقاومت به روش real time- pcr

مقدمه: شیگلا (shigella) باسیل گرم منفی روده ای که عفونتهای ناشی از آن مشکلات جدی را در کشورهای پیشرفته و در حال توسعه ایجاد کرده است. شیوع عفونتهای ناشی از شیگلا به دلیل دوز پایین بیماریزایی این باکتری و همچنین انتقال آسان آن از فردی به فرد دیگر و نیز آلوده شدن غیرمستقیم افراد از طریق مصرف مواد غذایی و آب آلوده بسیار آسان است.  جداسازی شیگلا سونئی از مدفوع کودکان, تاثیر و جداسازی عصاره گیاه علف چشمه, جدا سازی مولکولی ژن های تتراسایکلین با روش مالتی پلکس pcr و  تاثیر عصاره بر بیان ژن مقاومت تتراسایکلین باروش مالتی پلکس pcr است.روش کار: از تعداد 60 سوش شیگلا سونئی جدا شده از کودکان مبتلا به اسهال پس از ایزولاسیون سویه ها بر روی محیط های افتراقی و محیط  کشت (mac) macconkey agar از نظر شکل و رنگ کلنی ها بررسی و ثبت شد. ابتدا dna ی هر یک از نمونه ها توسط کیت استخراج dna استخراج شد و پس از استخراج نسبت به تکثیر dna الگو به روش pcr اقدام شد. برای بررسی اثر مقاومت آنتی بیوتیکی گیاه علف چشمه نسبت به ژن استخراج شده مقاوم به داروی تتراسایکلین، mic عصاره گیاه بر روی غلظت های مختلف باکتری شیگلا سونئی بررسی شد. از سویه هایی که واجد ژن های مقاوم به تتراسیکلین می باشند با در نظر گرفتن  mic، با استفاده دو گروه تیمار و غیر تیمار، پس از انکوباسیون 18 ساعته stationary lag log با استفاده از کیت استخراج rna x plus استخراج rna انجام شد. سپس با استفاده از دستگاه rt pcr abi plus  میزان بیان ژنtet a  و tet b در دو گروه تیمار و غیرتیمار تحت تاثیر عصاره گیاه علف چشمه بصورت کمی (عددی) ct خوانده شد و بیان ژن تحت تاثیر تیمار، تفسیر گردید.نتایج: نتایج ایزوله شیگلا سونئی درصد بالایی از بیشترین مقاومت به استرپتومایسین، نالیدیکسیک اسید، تتراسایکلین و آمپی سیلین و کلرامفنیکل با 100%، 100%، 86.7% و 91.8% % و 50 % مشاهده شد. هم چنین بیشترین حساسیت به جنتامایسین و سیپروفلوکساسین با 85% و 86.6% مشاهده شد. نتایج pcr چند گانه نشان داد که، از تمامی 60 ایزوله شیگلا سونئی ، 3 ایزوله فقط دارای ژن tetb (5%) 55 ایزوله دارای ژن teta (91.6%)، بودند. نتایج حاصل از آزمون فیشر حاکی از آنست که در سطح خطای 5 درصد ارتباط معناداری بین ژنهای teta و مقاومت به آنتی بیوتیک ها وجود داشته است (p value <0.05) نتایج حاکی از آن بود که در سطح خطای 5 درصد ارتباط معناداری بین ژنهای tetb با مقاومت به آنتی بیوتیک ها وجود نداشته است(p value = 0.05). نتایج حاکی از آن بود که در سطح خطای 5 درصد ارتباط معناداری بین ژنهای مثبت و منفی کلیه ژنها با مقاومت به آنتی بیوتیک ها وجود نداشته است(p value <0.05).نتیجه گیری: در نتیجه آنکه مقاومت چندگانه در ایزوله های شیگلا به اکثر آنتی بیوتیک ها از جمله تتراسایکلین، کرامفنیکل، آمپی سیلین، کوتریموکسازول، نالیدیکسیک اسید و فلوروکینولون ها و هم چنین سفالوسپورین های نسل سوم در نقاط مختلف جهان رو به افزایش است. پارامتر fold change نیز بیانگر میزان fold change   گروه تیمار نشده نسبت به گروه تیمار شده می باشد. میزان fold change برای ژن teta برابر 1.21 که نشان می دهد این ژن در گروه تیمار شده با عصاره گیاه علف چشمه نسبت به گروه غیر تیمار شده 1.21برابر کاهش یافته است.

molecular study of tetracycline resistance genes in shigella sonnei isolated from clinical samples and the effect of spring grass extract on the expression of resistance gene by real time-pcr method

introduction: shigella is a gram negative intestinal bacillus whose infections have caused serious problems in developed and developing countries. the prevalence of shigella infections is very low due to the low dose of pathogenicity of this bacterium as well as its easy transmission from one person to another and also the indirect contamination of people through the consumption of contaminated food and water. objective of isolation of shigella sonnei from children’s feces, effect and isolation of spring grass extract, molecular isolation of tetracycline genes by multiplex pcr, effect of extract on tetracycline gene expression by multiplex pcr.methods: out of 60 shigella sonnei strains isolated from children with diarrhea after isolation of strains on different media and macconkey agar (mac) medium in terms of shape and color of colonies were examined and recorded. first, the dna of each sample was extracted by a dna extraction kit, and after extraction, the dna of the template was amplified by pcr. to investigate the effect of antibiotic resistance of spring grass to the extracted gene resistant to tetracycline, mic of plant extract on different concentrations of shigella sonnei was investigated. strains with tetracycline resistant genes were treated with mic, using both treatment and non treatment groups, and after incubation for 18 hours, stationary lag log was performed using rna extraction kit x plus rna extraction. then, using rt pcr abi plus device, the expression of tet a and tet b genes in the treated and untreated groups under the influence of spring grass extract was read quantitatively (numerically) ct and the expression of the gene under the influence of treatment was interpreted.results: shigella sonnei isolated results showed a high percentage of the highest resistance to streptomycin, nalidixic acid, tetracycline and ampicillin and chloramphenicol with 100%, 100%, 86.7%, 91.8% and 50%. also, the highest sensitivity to gentamicin and ciprofloxacin was observed with 85% and 86.6%, respectively. multiple pcr results showed that out of all 60 shigella sonnei isolates, 3 isolates had only tetb gene (5%) and 55 isolates had teta gene (91.6%).conclusion: the results of fisher test indicate that there was a significant relationship between teta genes and antibiotic resistance at 5% error level (p value <0.05). the results showed that at the 5% error level there was no significant relationship between tetb genes and antibiotic resistance (p value = 0.05). the results showed that at the 5% error level, there was no significant relationship between positive and negative genes of all genes with antibiotic resistance (p value <0.05).