بررسی پروتئین‌های مهم در ایجاد عفونت به‌واسطه ویروس نیل غربی در سلول‌های رنگدانه‌دار شبکیه

مقدمه: ویروس نیل غربی عفونتی بوده که از طریق بندپایان خونخوار منتقل می‌شوند. تظاهرات چشمی یکی از ویژگی‌های عفونت ویروس نیل غربی است. آن‌ها بیشتر در ارتباط با بیماری عصبی شدید رخ می‌دهند. در این مطالعه با استفاده از آنالیز بیوانفورماتیک به بررسی و کاندید نمودن ژن‌های موجود در مسیرهای وابسته به عفونت ویروس نیل غربی در شبکیه چشم پرداختیم.روش بررسی: در این مطالعه با استفاده از روش‌های بیوانفورماتیک و با مراجعه به پایگاه داده geo دیتاست مناسب برای آنالیز انتخاب گردید. این دیتاست شامل پروفایل بیان ژنی در عفونت ویروس نیل غربی با سلول‌های رنگدانه‌ای شبکیه بود. کلاسترهای ژنی با بیان بالا و پایین دسته‌بندی شدند. برای ارزیابی دقیق‌تر داده از پایگاه‌های داده غنی همچون enrichr، string و networkanalyst استفاده شد. ژن‌های کاندید شده را جدا نمودیم و ارتباط پروتئینی آن با استفاده از نرم‌افزار cytoescape ورژن 3.7.1 سنجیده شد. مقادیر به‌دست آمده که p˂0.05 به عنوان داده‌های معنی‌دار انتخاب شد.نتایج: 830 ژن با بیان بالا و 500 ژن با بیان پایین در مسیرهای پیشرفت عفونت ویروسی نیل غربی در چشم نقش دارند. مسیر‌های آپوپتوز، نکروپتوزیس، اتوفاژی ampk و mapk به‌صورت بارزی مشاهده شدند. پس از ارزیابی ارتباط بین شبکه‌های پروتئینی، ripk1، stat1/3 و jak2 افزایش بیان و ژن‌های gsk3b، mapk8 و tsc2 کاهش بیان داشتند. نتیجه‌گیری: مطالعه حاضر نشان داد که پروتیئن‌ها و ژن‌های مهمی در تقویت التهاب ویروس نیل غربی در شبکیه چشم نقش عمده‌ای داشته که از میان آن‌ها ripk1، tsc2، stat1 و  jak2 نقش بارزتری را در این مسیر نشان دادند. 

investigating the important proteins in causing west nile virus infection in retinal pigment cells

introduction: west nile virus is an infection transmitted through blood-sucking arthropods. ocular manifestations are one of the characteristics of west nile virus infection. they occur mostly in connection with severe neurological disease. in this study، using bioinformatics analysis، we investigated and identified the genes in the pathways related to west nile virus infection in the retina.methods: in this study, using bioinformatics methods and referring to the geo dataset, the appropriate dataset was selected for analysis. this dataset included gene expression profiles in west nile virus infection with retinal pigment cells. gene clusters with high and low expression were categorized. for more accurate data evaluation,  databases such as enrichr، string and network analyst were used. the candidate genes were isolated and their protein relationship was also measured using cytoescape software version 3.7.1. the obtained values with p-value˂0.05 were selected as significant data. results: the number of 830 genes with high expression and 500 genes with low expression was involved in the development pathways of west nile virus infection in the eye. apoptosis، necroptosis، ampk and mapk autophagy pathways were clearly observed. after evaluating the relationship between protein networks، ripk1، stat1/3 and jak2 increased expression and gsk3b، mapk8 and tsc2 genes had decreased expression.conclusion: the present study showed that important proteins and genes played a major role in strengthening west nile virus inflammation in the retina, among which ripk1,tsc2, stat1 and jak2 showed a more prominent role in this pathway.