|
|
|
|
بررسی و مقایسه اثر پرایمر در ارزیابی ساختار جوامع باکتریایی خاک مناطق نیمه خشک با روش illumina miseq
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
تیموری مریم ,محمدی پریسا ,جلیلی عادل ,زارعی رقیه
|
|
منبع
|
زيست شناسي كاربردي - 1401 - دوره : 35 - شماره : 1 - صفحه:79 -97
|
|
چکیده
|
مقدمه: هدف از این مطالعه بررسی تاثیر نوع پرایمر در ارزیابی ساختار جمعیت میکروبی در خاک یک اکوسیستم نیمه خشک بوده است. مواد و روشها: ِdna نمونههای خاک پس از استخراج و انجام pcr با دو جفت پرایمر مربوط به نواحی v1-v3 و v4-v5 توالییابی و دادهها با نرم افزار qime آنالیز شدند. نتایج: آنالیزnext generation sequencing نشان داد پرایمر v4-v5 توانست 97/9 درصد از باکتریها را شناسایی کند در حالیکه 90/4 درصد از باکتریها با جفت پرایمر v1-v3 شناسایی شدند. جفت پرایمر v1-v3 توانست درصد بیشتری از proteobacteria (37/8درصد) را شناسایی کند در صورتیکه جفت پرایمر v4-v5 در شناسایی actinobacteria (33/6 درصد) بهتر عمل کرده است. بعلاوه جفت پرایمر v4-v5 در سطوح تاکسونومیکی راسته، خانواده و جنس تعداد بیشتری را در نمونههای خاک مطالعه شده در مقایسه با جفت پرایمر v1-v3 شناسایی کرد. بحث: با وجود عملکرد بهتر پرایمر v4-v5 و با توجه به اینکه برخی از اجزای سطوح مختلف تاکسونومیکی با یکی از جفت پرایمرهای استفاده شده شناسایی شدند به نظر میرسد به منظور ارزیابی دقیقتر جمعیتهای میکروبی بهتر است از حداقل دو سری پرایمر استفاده شود.
|
|
کلیدواژه
|
تاکسونومی، تنوع زیستی، توالییابی نسل دوم، جامعه میکروبی، میکروبیولوژی خاک
|
|
آدرس
|
دانشگاه الزهرا2- موسسه تحقیقات جنگلها و مراتع کشور, سازمان تحقیقات, دانشکده علوم زیستی, گروه میکروبیولوژی, ایران, دانشگاه الزهرا س, دانشکده علوم زیستی، مرکز تحقیقات میکروبیولوژی کاربردی و بیوتکنولوژی میکروبی2- مرکز تحقیقات میکروبیولوژی کاربردی و بیوتکنولوژی میکروبی, گروه میکروبیولوژی, ایران, سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی, موسسه تحقیقات جنگلها و مراتع کشور, ایران, دانشگاه الزهرا (س), دانشکده علوم زیستی, گروه علوم گیاهی, ایران
|
|
پست الکترونیکی
|
r.zarei@alzahra.ac.ir
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
assay and comparison the impact of primer in evaluation of bacterial community structure in semiarid area by illumina miseq
|
|
|
|
|
Authors
|
teimouri m. ,mohammadi p. ,jalili a. ,zarei r.
|
|
Abstract
|
the aim of this study was to compare the effect of primers in evaluating soil bacterial community structure. for this purpose, soil samples were taken from cold and warm area which grazed (disturbed) or not grazed (undisturbed) in spring and autumn. microbial dna was extracted and sequenced after amplification by two primers which amplify v1-v3 and v4-v5 area of 16s rrna. next generation sequencing data were analyzed by qime to determine bacterial community structure. results showed the effect of area, grazing and season on bacterial community structure. ngs data analysis showed that primers which amplified v4-v5 area identified more bacteria (97.9%) in compared to v1-v3 primers (90.4%). v1-v3 primers had better efficiency to identify proteobacteria (37.85%) in compared to v4-v5 which identified more actinobacteria (33.6%). in addition, v4-v5 primers identified more bacteria in class, family and genus taxonomic groups in compared to v1-v3 primer. although v4-v5 primer had better efficiency in bacteria identification, it is recommended to use both primers to evaluate precisely bacterial community structure.
|
|
Keywords
|
biodiversity ,microbial community ,next generation sequencing ,soil microbiology ,taxonomy
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|