روابط تکاملی ساختار دمین پروتئین ataxin-2 در گیاهان: بینش احتمالی دخالت این پروتئین در بومی‌سازی ترجمه در فرایند جنین‌زایی گیاه برنج (oryza sativa)

با توسعه فن آوری‌های تعیین توالی با توان بالا، داده‌های توالی با سرعت زیادی جمع‌آوری می‌شوند و تفسیر عملکرد آنها یک چالش اساسی است. ژنatxn2 کد کننده پروتئینی با عملکرد ناشناخته در برنج (oryza sativa) است. هدف از این مطالعه، تعیین ساختار دمین و پیش‌بینی عملکرد این پروتئین بود. از این رو درخت فیلوژنی موتیف توالی با 164 توالی اسید آمینه ataxin-2 از 45 گونه گیاهی توسط مجموعه meme و نرم افزار phylip آنالیز شد. نتایج، دو نوع کلی کلاس از پروتئین‌های ataxin-2 را مشخص نمود. عدم وجود دمین lsmad در یک کلاس ممکن است ویژگی‌های عملکردی متمایزی را نسبت به کلاس دیگر ataxin-2 اعطا کند. در این پژوهش عملکرد ataxin-2 به عنوان پروتئین‌های متصل شونده به rna (rna binding) پیش‌بینی شد که در تنظیم mrna سیتوپلاسمی در جنین‌زایی برنج نقش دارد. یافته‌های این پژوهش می‌تواند اساس تحقیق در مورد عملکرد این پروتئین در هدف قرار دادن زیرمجموعه‌های جداگانه mrna به مکان‌های زیر سلول در گیاهان باشد که توسط سلول‌های دو قطبی جنین برای ایجاد محفظه‌های عملکردی مشخص بکار گرفته می‌شود.

evolutionary relationships of the ataxin-2 protein domain structure in plants: a possible insight into the involvement of this protein in local translation in rice (oryza sativa) plant embryogenesis process

introduction:with the development of high-throughput sequencing technologies, sequence data is collected at a high rate and their functional annotation remains a major challenge. the atxn2 gene encodes a protein with an unknown function in rice (oryza sativa). the aim of this study was to determine the structure of the domain and predict the function of this protein. so the sequence motif phylogenetic tree with 164 ataxin-2 amino acid sequences from 45 plant species was analyzed by meme suite and phylip software. the results revealed two general classes of ataxin-2 proteins. the absence of the lsmad domain in one class may confer distinct functional characteristics compared to another ataxin-2 class. in this study, the function of ataxin-2 was found to be rna binding protein that plays a role in the regulation of cytoplasmic mrna in rice embryogenesis. findings from this study could be the basis for research on the function of this protein in targeting separate subsets of mrna to subcellular locations in plants, which are recruited by embryonic bipolar cells to establish specific functional compartments.