کاربرد تکنیک مولکولی one-step-rt-lamp در تشخیص ویروس sars-cov-2 در نمونه‌های نازوفارنکس جمع‌آوری شده از مراکز درمانی و رفرانس استان تهران

مقدمه: تشخیص مولکولی سریع، دقیق و اختصاصی ویروس sars-cov-2 در راستای پیشگیری و مبارزه با بیماری کرونا بسیار حائز اهمیت می‌باشد؛ لذا هدف از این تحقیق بررسی ارزش تشخیصی تکنیک مولکولیlamp(loop-mediated isothermal amplification) در ارزیابی سریع، کسب نتایج دقیق و کاهش هزینه‌های آزمایش کرونا در مقایسه با دیگر روش‌های مولکولی روتین می‌باشد. مواد و روش ها: طی این مطالعه مقطعی توصیفی تحلیلی 342 نمونه نازوفارنکس از مراکز درمانی رفرانس شهر تهران جمع‌آوری شد. در مرحله بعد، استخراج rna از نمونه‌ها انجام شد. پس از طراحی پرایمر برای ژن n، سنجش rt-lamp انجام شد. برای تایید نتایج، محصولات lamp، بر روی ژل آگارز الکتروفورز شدند. همچنین از نظر حساسیت و ویژگی، تکنیک rt-lamp مورد ارزیابی قرار گرفت. جهت تجزیه و تحلیل آماری نتایج از نرم‌افزار spss  نسخه 22 و آزمون‌های آماری مجذور کای، توافق کاپا و دقیق فیشر استفاده شد.یافته ها: نتایج نشان داد که ارتباط معناداری بین جنسیت و شدت بیماری وجود دارد (0.001>p، حال آنکه ارتباط معناداری از نظر متغیر سن وجود نداشت (0.05>p. از نظر علائم بالینی ارتباط معناداری بین شدت عفونت ویروس با علائم تب، سرفه و سردرد وجود داشت (0.001>p. همچنین از نظر آماری ارتباط معناداری بین بیماری دیابت و شدت بیماری مشاهده شد (0.001> pاز نظر حساسیت و ویژگی تکنیک rt-lamp، میزان حساسیت در این تکنیک رقت 101×1 و ویژگی 100٪ بدست آمد. بحث و نتیجه گیری: تشخیص سریع و به موقع ویروس کرونا بدلیل سرعت سرایت بالای ویروس بسیار حیاتی می‌باشد. لذا نیاز به روش تشخیصی سریع و ارزان و قابل انجام در مکان‌های مختلف و مقرون به صرفه با حساسیت و ویژگی بالا احساس می‌گردد. بر اساس نتایج بدست آمده از مطالعه حاضر تکنیک rt- lamp روشی سریع، حساس و موثر در تشخیص sars-cov-2 می‌باشد.

application of one-step-rt-lamp molecular technique in sars-cov-2 virus detection in nasopharyngeal samples collected from medical and reference centers of tehran province

background: rapid, accurate, and specific molecular diagnosis of sars-cov-2 virus is essential to prevent and fight against corona disease, therefore, the purpose of this research is to investigate the diagnostic value of lamp (loop-mediated isothermal amplification) molecular technique in rapid evaluation and obtaining accurate results and reducing the costs of corona testing compared to other routine molecular methods.materials and methods: the results showed, 342 nasopharyngeal samples were collected from reference medical centers in tehran. in the next step, rna was extracted from the samples. after designing the primer for the n gene, an rt-lamp assay was performed. to confirm the results, lamp products were electrophoresed on agarose gel. also, the rt-lamp technique was evaluated in terms of sensitivity and specificity. spss version 22 software was used for statistical analysis of the results.results: in the present study, the statistical analysis of the data showed that there is a significant difference between the gender variable and the severity of the disease (p>0.001, while there was no significant difference in terms of the age variable (p>0.05). in terms of clinical symptoms, the relationship there was a substantial difference between the severity of the virus infection with the symptoms of fever, cough and headache (p>0.001. also, statistically, a significant difference was observed between diabetes and the severity of the disease (p>0.001) in terms of the sensitivity and specificity of the rt-lamp technique., the sensitivity of this dilution technique was 101x1 and the specificity was 100%.conclusion: fast and timely diagnosis of the corona virus is very important due to the high rate of spread of the virus. therefore, there is a need for a fast and cheap diagnostic method that can be performed in different places and is affordable with high sensitivity and specificity. based on the results obtained from the present study, the rt-lamp technique is a fast, sensitive, and effective method for diagnosing sars-cov-2.